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Hoechst染色:hoechst可以穿過活細胞膜與細胞核結合(主要為凋亡活細胞)在紫外光下將核染為藍色.Hoechst染細胞核會影響共聚焦顯微鏡對該樣本其他熒光的觀察效果.hoechst有hoechest33342和hoechst33258兩種hoechsts33258， hoechst33342二者區別不大，但是hoechst33342對細胞的毒性作用更小一些，所以-般來說hoechsts33258用于細胞固定后再染色，而hoechst33342則可以對活細胞直接進行染色!
PI (Propidium Iodide 碘化丙啶)染色:是一種可對DNA染色的細胞核染色試劑，常用于細胞凋亡檢測.碘化丙啶(Propidium Iodide, PD是- -種核酸染料(紅色)，它不能透過完整的細胞膜，但調亡中晚期的細胞和壞死細胞由于細胞膜通透性的增加，PI能夠透過細胞膜而使細胞核染紅.用PI單一染色觀測培養細胞, 只能表示細胞的壞死情況，而不是凋亡( 當然晚期凋亡PI亦可著色)。但是如果您只是想知道細胞的死亡情況，而不是仔細區分壞死或凋亡，那么PI單一染色也可以。但是如果您一定要認定細胞的調亡，那么PI單一染色顯然不夠!
annexin-V染色細胞凋亡早期,細胞膜標志發生改變其中,磷脂酰絲氨酸(Annexin-V,PS)外翻,Annexin-V 在Ca+存在的條件下與其高親和力特異性結合.這樣,Annexin-v染色陽性,表示細胞處于早期凋亡狀態.Annexin-V結合不同的熒光抗體,就可以利用流式細胞儀、熒光顯微鏡以及共聚焦激光掃描顯微鏡檢測細胞凋亡的發生。Annexin V用FITC標記發綠色熒光;如果用PE標記就發紅色熒光。