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除藻水處理臭氧發生器可以殺死水處理中的藻類，使死藻很容易被后續工藝去除。臭氧發生器可以作為去除藻類的預處理方法，與常規處理等技術相結合是處理富營養化水源水中藻類的有效途徑之一。
藻類是*水處理實踐中普遍存在的問題。當藻類含量高時，會影響混凝沉淀，增加混凝劑的用量。堵塞過濾罐，縮短過濾罐的過濾周期；臭氣和藻類毒素與氯氣反應形成氯化消毒副產物，降低飲用水安全性。將臭氧發生器與膜分離技術和無菌灌裝系統相結合的滅菌技術應用于釀造行業的醬油、醋和酒的生產中，可以提高產品的質量和檔次。
藻類毒素正在成為藻類污染的另一個焦點。在一定條件下，臭氧發生器可以有效去除一些藻類毒素。具體去除率主要取決于臭氧發生器的用量，其次取決于原水水質（藻毒素類型、有機物性質和濃度、堿度等）。
除藻水處理臭氧發生器的試驗結果表明，含40-50萬個單細胞藻類和原生動物的海水經臭氧發生器處理30分鐘后，顯微鏡觀察發現所有原生動物均爆炸死亡。經臭氧發生器處理后用于水處理的海水繼續培養兩周，試驗中未發現生物，水質清澈透明。取赤潮海水進行臭氧處理30分鐘后，赤潮海水被氧化成白色透明，水中有夜光蟲。
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