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醫用污水臭氧發生器主要用于消毒滅菌。用臭氧發生器對醫院污水進行消毒處理，可以切斷傳染源，解除后顧之憂。而且臭氧可以在幾分鐘內殺死所有病毒，比等效氯快200~3000倍。城市污水處理系統工程也開始使用大型臭氧發生器對生活污水進行滅菌除臭。當應用于循環冷卻水和鍋爐給水時，水需要進行深度處理。臭氧可以去除形成污垢的雜質，防止管道堵塞。要達到這個目的，當然首先要去除氨，否則去除氨會分解殘留的臭氧，不利于維持臭氧氧化效率。
一般來說，殘余臭氧應保持在約0.5毫克/升。飲用水采用臭氧消毒滅菌時，沒有有害殘留物（如致癌的鹵代有機化合物的氯消毒），對于提高醫療污水以及飲用水的消毒質量來說非常有效。
地表水含有各種有機、無機和各種細菌和病毒。醫用污水臭氧發生器對地表水的深度處理基本可以達到比較好飲用水的標準。研究表明，當水中臭氧濃度為0.4ppm時，細菌和病毒都可以被殺死，細菌和病毒的殺死速度比細菌快。臭氧處理后的飲用水水質比較好，可以防止管道中微生物的生長，保護人體健康。如果只用紫外線消毒滅菌，只能穿過一定厚度的水層，消毒滅菌不比較*地，而臭氧消毒*可以解決問題。如果臭氧和紫外線聯合消毒滅菌，比單獨使用任何一種方法都有更好的效果和節能。
