顯微鏡構造很復雜，分類很多，但基本結構是由機械和光學兩大部分構成,現分述如下：
1、機械部分：
它是為光學部分服務的部件,包括以下九部分：
(1)、鏡座：顯微鏡下面呈馬蹄形或園形的部分,起穩定和支持鏡身作用.
(2)、鏡柱：從鏡座向上直立的短柱.上連鏡臂,下連鏡座,可以支持鏡臂和載物臺.
(3)、鏡臂：彎曲成馬蹄形的部分,便于手持,下端與鏡柱相連接的地方有一個傾斜關節,可使鏡臂傾斜,便于觀察.
(4)、載物臺：自鏡臂下端向前伸出,放置標本用的平臺,其中央有一個園孔,叫通光孔.臺上有一移動器（老式的左右各有一個壓片夾）,用以固定和移動標本.
(5)、鏡筒：和鏡臂上方連接的園筒部分.有的顯微鏡鏡筒內有一抽管,可適當抽長,一般長度是160－170毫米.鏡筒上端裝有目鏡,下端有一個可轉動的園盤,叫物鏡轉換器（或叫物鏡旋轉盤,固著在鏡筒下端,分兩層,上層固著不動,下層可自由轉動.轉換器上有2～4個圓孔,用來安裝不同倍數的低倍或高倍物鏡）.作用是保護成像的光路與亮度.
(6)、調節器（也叫調節螺旋）：為鏡壁上兩種可轉動的螺旋,一大一小,能使鏡筒上下移動,調節焦距.大的叫粗準焦螺旋,位于鏡臂的上方,可以轉動,以使鏡筒能上下移動,從而調節焦距,升降鏡筒較快,用于低倍鏡對焦；小的叫細準焦螺旋,位于鏡臂的下方,它的移動范圍較粗準焦螺旋小,升降鏡筒較慢,可以細調焦距.
(7)、傾斜關節：鏡柱和鏡臂交界處有一個能活動的關節.它可以使顯微鏡在一定的范圍內后傾（一般傾斜不得超過45°）便于觀察.但是在使用臨時封片觀察時,禁止使用傾斜關節,尤其是裝片內含酸性試劑時嚴禁使用,以免污損鏡體.
(8)、載物臺：從鏡臂向前方伸出的金屬平臺.呈方形或圓形,是放置玻片標本的地方.其中央具有通光孔,在通光孔的左右有一個彈性的金屬壓片夾,用來壓住載玻片.較的顯微鏡,在載物臺上常具有推進器,它包括夾片夾和推進螺旋,除夾住切片外,還可使切片在載物臺上移動.
2、光學部分：由目鏡、物鏡、反光鏡、聚光器等四部件組成.
(1)、目鏡：裝于鏡筒上方,由兩組透鏡構成,接目鏡的作用是把接物鏡所形成的倒立實像再放大成為一個虛像.接目鏡上刻有5×,8×,10×,15×,25×等符號,表示放大倍數.我們所觀察到的標本的物像,其放大倍數是接物鏡和接目鏡放大倍數的乘積.如接物鏡是10×,接目鏡是8×,其物像的放大倍數是10×8＝80倍.
在接目鏡內兩個透鏡間的光欄上可裝一根剪短的毛發,做為指針,用以指示要觀察的材料.
(2)、物鏡：裝在鏡筒下端物鏡轉換器的孔中,一般的顯微鏡有2～4個接物鏡鏡頭,每個鏡頭都是由一系列的復式透鏡組成的,其上也有放大倍數記號,有4×,10×,40×及100×.4×及10×接物鏡是低倍鏡,40×是高倍鏡,100×是油鏡.低倍鏡常用于搜索觀察對象及觀察標本全貌,高倍鏡則用于觀察標本某部分或較細微的結構,油鏡則常用于觀察微生物或動植物更細微的結構.
(3)、聚光器（集光器）：位于載物臺（通光孔）下方,由兩塊或數塊鏡組成,它能將反光鏡反射來的光線集中以射入接物鏡和接目鏡,有的聚光器可升降,便于調光,集光器下有一可伸縮的園形光圈,叫虹彩光圈,可調集光器口徑的大小和照射面,以調節光線強弱（有的顯微鏡只有遮光極而無集光器）.光線過強時,可縮小虹彩光圈.
(4)、反光鏡：是顯微鏡觀察時獲得光源的裝置,位于顯微鏡鏡座中央,一面為平面鏡,一面為凹面鏡.轉動反光鏡,可使外面光線通過集光器照射到標本上.使用時,光線強用平面鏡,光線弱用凹面鏡.
顯微鏡的成像原理（放大原理）
光線→反光鏡→遮光器→通光孔→標本（一定要透明）→物鏡的透鏡（次放大成倒立實像）→鏡筒→目鏡（再放大成虛像）→眼.
物鏡的作用：使被觀察物體成一個倒立的放大的實像.像投影儀的鏡頭.
目鏡的作用：把物鏡成的實像,再一次放大成虛像.像放大鏡的鏡頭,把物體的像放大.
