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Hifair^® T7 High Yield RNA Synthesis Kit

產(chǎn)品信息

產(chǎn)品描述

Hifair^® T7 High Yield RNA Synthesis Kit RNA合成試劑盒進行了轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系的優(yōu)化，試劑盒使用T7 RNA聚合酶并以含有T7 啟動子序列的線型雙鏈DNA為模板，以NTPs為底物，對啟動子下游的DNA序列進行轉(zhuǎn)錄，高效合成單鏈RNA。轉(zhuǎn)錄時可在底物中加入修飾的核苷酸，制備生物素或染料標記的RNA。

本試劑盒可以合成長轉(zhuǎn)錄本以及短轉(zhuǎn)錄本，以1 μg的模板投入量可以產(chǎn)生100-200 μg的RNA，轉(zhuǎn)錄合成的RNA可用于諸如RNA結(jié)構(gòu)與功能研究、RNA酶保護、探針雜交、RNAi、顯微注射及體外翻譯等多方面的下游應(yīng)用。

產(chǎn)品組分

產(chǎn)品應(yīng)用

RNA體外合成

運輸儲存方法

干冰運輸。-20℃保存，有效期兩年。

注意事項

1. 反應(yīng)體系中須嚴格注意不要混入RNase。

2. 實驗器材（如：槍頭、產(chǎn)品管等）注意嚴格使用 RNase Free用品。

3. 為了您的安全和健康，請穿實驗服并戴一次性手套操作。

合成原理

圖1：RNA體外轉(zhuǎn)錄過程

操作流程

1.DNA模板制備

帶有雙鏈T7啟動子的線性化質(zhì)?；?/span>PCR擴增產(chǎn)物都可以作為Hifair® T7 High Yield RNA Synthesis Kit 體外轉(zhuǎn)錄模板，模板可以用TE緩沖液或Rnase free H₂O溶解。

T7啟動子序列： TAATACGACTCACTATAG^*GG   （注：G*為RNA轉(zhuǎn)錄的第—個堿基）

A.質(zhì)粒模板

將目的DNA插入含有T7啟動子的質(zhì)粒載體中，然后用限制酶進行處理，待*線性化后進行純化。

注：1. 環(huán)狀質(zhì)粒由于沒有有效的終止，會轉(zhuǎn)錄出不同長度的RNA產(chǎn)物，為了得到特定長度的RNA，質(zhì)粒必須*線性化。

2. 質(zhì)粒線性化所選限制酶需要在啟動子區(qū)域右側(cè)、插入DNA///片段的下游，且在插入DNA///片段中無識別位點。選擇的限制酶要能形成5’突出或者平滑末端。

3. 為了避免蛋白及鹽離子等對體系的影響，質(zhì)粒線性化后建議純化后再作為模板進行體外轉(zhuǎn)錄。

圖2：線性化質(zhì)粒為模板體外轉(zhuǎn)錄過程

B.PCR產(chǎn)物模板

帶T7啟動子的PCR產(chǎn)物可以作為體外轉(zhuǎn)錄模板。首先將T7啟動子序列(TAATACGA CTCACTATAGGG)加在有義鏈的上游引物的5’端，然后在高保真酶的作用下擴增含T7啟動子的DNA模板，隨后進行轉(zhuǎn)錄。PCR產(chǎn)物可以不經(jīng)純化直接作為模板，但純化后會得到更高的RNA產(chǎn)出。

注：1. PCR產(chǎn)物作為模板，必須電泳確認產(chǎn)物的特異性及濃度，建議20μL反應(yīng)體系投入2-5μL PCR產(chǎn)物。

2. 為了得到更多高品質(zhì)的RNA，推薦PCR產(chǎn)物膠回收之后再作為模板進行體外轉(zhuǎn)錄。

2.RNA體外轉(zhuǎn)錄

A. 試劑解凍

將T7 RNA Polymerase Mix短暫離心，置于冰上。解凍10×Transcription Buffer和核糖核苷酸（ATP、CTP、GTP、UTP），混勻并離心至管底，10×Transcription Buffer置于室溫，4種核糖核苷酸置于冰上，備用。

B. 室溫裝配轉(zhuǎn)錄反應(yīng)

按下列體系配制反應(yīng)體系

注： 1. 反應(yīng)于室溫配置。由于10×Transcription Buffer中含有亞精胺，低溫下亞精胺濃度過高會引起DNA模板沉淀。

2. 短轉(zhuǎn)錄本（<100nt），模板可使用2ug，轉(zhuǎn)錄時間增至4-8個小時。

3. 長轉(zhuǎn)錄本（>1000nt），建議使用質(zhì)粒線性化模板進行轉(zhuǎn)錄。

4. 建議在PCR儀中進行反應(yīng)，熱蓋打開，防止長時間導(dǎo)致反應(yīng)液蒸發(fā)。

5. 反應(yīng)產(chǎn)物可能有白色沉淀。這是反應(yīng)過程中游離的焦磷酸與反應(yīng)液中的鎂離子形成焦磷酸鎂，不影響后續(xù)實驗。如想去除，添加EDTA即可消失。添加EDTA如果影響后續(xù)實驗，也可以離心回收上清。

6. 使用試劑、容器等無RNase污染。

C. 37℃孵育2個小時

將上述反應(yīng)液混合均勻，短暫離心至管底，37℃孵育2個小時。若轉(zhuǎn)錄本長度小于100nt，增加反應(yīng)時間至4-8個小時。

D. DNaseⅠ處理（可選）

反應(yīng)完成后，每管加入2μL DNaseⅠ（RNase free），37℃孵育15min以去除模板DNA。

3.產(chǎn)物純化

轉(zhuǎn)錄后的RNA可以選用RNA Cleaner磁珠進行純化（貨號：12602），也可以采用酚/氯///仿純化法，氯化鋰沉淀法或柱純化等，以去除蛋白、游離的核苷酸。純化后的RNA經(jīng)電泳檢測后可進行下游實驗或存儲于-80℃。

A.RNA Cleaner磁珠純化法

提前將RNA clean beads從4 ℃取出，平衡至室溫（約30 min），并用RNase free H₂O將轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物稀釋至50μL。

①顛倒或渦旋振蕩使磁珠充分混勻，吸取2×磁珠（100μL）加入RNA樣品中（50μL），用移液器吹打6次充分混勻。室溫孵育5 min，使RNA結(jié)合到磁珠上。

②將樣品置于磁力架上5 min，待溶液澄清后，小心移除上清。

③保持樣品置于磁力架上，加入200μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 s，小心移除上清。重復(fù)此操作一次。

（注：漂洗時使用的80%乙醇需要使用RNase free H₂O新鮮配制，以防止引入RNase酶導(dǎo)致RNA降解。）

④保持樣品始終處于磁力架上，開蓋空氣干燥磁珠5 min。

（注：磁珠開蓋晾干時要避免過分干燥，如果磁珠出現(xiàn)龜裂，則提示磁珠過分干燥，此時RNA的洗脫效率會降低）。

⑤將樣品從磁力架上取出，加入22μL RNase free H₂O，用移液器吹打6次以充分混勻，室溫靜置5 min。

⑥將樣品置于磁力架5 min，待溶液澄清后，小心轉(zhuǎn)移上清20μL至一個新的RNase free PCR管中。

（注：建議轉(zhuǎn)移上清時留2-3μL液體，以免吸到磁珠影響后續(xù)實驗。得到的RNA極不穩(wěn)定，建議盡快進入下一步。若要保存，請置于-80℃保存。）

B.酚/氯//仿純化法

①向20μL反應(yīng)混合物中，加入115μL RNase free H₂O和l5μL 3M乙酸鈉（pH5.2），混合均勻。

②用等體積的酚/氯///仿（1:1）抽提一次，再用等體積的氯///仿抽提2次，收集上清，并轉(zhuǎn)移至新的RNase free EP管中。

③加入2倍體積的無水乙醇沉淀RNA。混合均勻后置于-20℃至少30min，以大轉(zhuǎn)速，4℃離心15min，收集沉淀。

④加入500μL冰預(yù)冷的70%乙醇洗滌RNA沉淀。

B.用20μL RNase free H₂O溶解RNA沉淀。純化后的RNA溶液于-80℃保存。

C.氯化鋰沉淀法

采用氯化鋰沉淀法，RNA長度要大于300nt，且濃度不能低于100ng/μL。

①向20μL反應(yīng)混合物中，加入30μL RNase free H₂O和30μL7.5M氯化鋰。

②混合均勻后，置于-20℃至少30min，以大轉(zhuǎn)速，4℃離心15min，收集沉淀。

③加入500μL冰預(yù)冷的70%乙醇洗滌RNA沉淀。

4.用20μL RNase free H₂O溶解RNA沉淀。純化后的RNA溶液于-80℃保存。

D.柱純化法

純化前加入80μL RNase free H₂O將產(chǎn)物稀釋至100μL，再按柱純化說明書進行純化。

4.RNA定量

A.紫外吸收法

游離核苷酸會影響定量的準確性，采用此方法前請先進行RNA純化。然后通過測定產(chǎn)物的A₂₆₀讀數(shù)來確定RNA的產(chǎn)量。對于單鏈RNA，1 A₂₆₀相當于40µg/mL，所以RNA的產(chǎn)量可以如下計算：  A₂₆₀ x 稀釋倍數(shù) x 40 = µg/mL RNA

B.染料法

用RiboGreen染料進行RNA定量，游離核苷酸不會影響定量，可以對純化或未純化的反應(yīng)產(chǎn)物中的RNA進行準確定量。

5.RNA大小及質(zhì)量檢測

A.瓊脂糖電泳法

為了確定RNA的大小，完整度以及質(zhì)量，需要進行瓊脂糖凝膠電泳或聚丙烯酰胺凝膠電泳進行檢測。

B.Agilent 2100 Bioanalyzer檢測法

2100可以用來評估RNA完整度及質(zhì)量，它僅需要少量的RNA進行分析，高品質(zhì)的RNA在電圖上應(yīng)呈現(xiàn)明顯且銳利的峰。

常見問題及解決方案

1.轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物產(chǎn)量低

模板的質(zhì)量與產(chǎn)量密切相關(guān)，實驗組產(chǎn)量明顯低于對照組可能原因有：①實驗?zāi)０逯杏幸种品磻?yīng)成分；②實驗?zāi)０灞旧碓颉?/span>

建議： ①重新純化模板；②確定模板定量以及其完整性；③延長反應(yīng)時間；④加大模板投入量；⑤嘗試其它的啟動子和RNA聚合酶。

2.短轉(zhuǎn)錄本產(chǎn)量低

轉(zhuǎn)錄起始片段短會抑制反應(yīng)，轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物小于100nt時，延長反應(yīng)時間至4-8小時或增加模板量至2ug可以提高RNA產(chǎn)量。

3.RNA轉(zhuǎn)錄長度大于預(yù)期

如果電泳顯示產(chǎn)物條帶大于預(yù)期大小，可能原因：①質(zhì)粒模板可能沒有*線性化；②有義鏈3’端為突出結(jié)構(gòu)；③RNA存在未*變性的二級結(jié)構(gòu)。

建議：①檢查模板是否*線性化，如有必要，額外進行線性化；②選擇合適的限制性酶，避免產(chǎn)生3’突出端，或者用Klenow Fragment或T4 DNA聚合酶補齊后，再進行轉(zhuǎn)錄；③使用變性膠檢測RNA產(chǎn)物。

4.RNA轉(zhuǎn)錄長度小于預(yù)期

如果電泳顯示產(chǎn)物條帶小于預(yù)期大小，可能原因：①模板包含類似于T7 RNA聚合酶的終止序列；②模板中GC含量高。

建議：①降低反應(yīng)溫度（比如，30℃），有時降低溫度可以增加轉(zhuǎn)錄長度，但會降低產(chǎn)量?；蛘邍L試不同的RNA聚合酶進行轉(zhuǎn)錄；②若模板GC含量高，采用42℃進行轉(zhuǎn)錄反應(yīng)，或者添加SSB提高產(chǎn)量及轉(zhuǎn)錄長度。

5.轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物電泳拖尾

電泳過程中有拖尾現(xiàn)象，可能原因：①實驗操作過程被RNase污染；②DNA模板被RNase污染。

建議：①實驗過程中使用RNase-free的槍頭和EP管，佩戴一次性乳膠手套和口///罩，所有試劑均用RNase free H₂O配制。②重新純化模板DNA。

HB200916