聚合物填料在氨基酸、有機酸、多糖以及無機離子分離中應用較多。常用的反相液相色譜聚合物基質固定相由二乙烯基苯交聯的聚苯乙烯制成，取代異丁烯酸與聚乙烯醇基質填料也已經商品化。

  由于大多數多孔聚合物在pH=1~13范圍內具有良好的穩定性，可以在高pH值條件下使強堿性溶質以自由態或非電離態存在，改善色譜峰形，得到較好的分離，對有些堿性化合物可以替代離子對色譜法，強保留物質可用0.1mol/L的氫氧化鈉從柱中洗脫出來。

  用C₁₈、NH₂和CN等功能團對多孔聚合物微粒加以改性能夠得到不同選擇性的正相或反相色譜固定相，—COOH、—SO₃H和NH₂等改性多孔二乙烯基苯交聯的聚苯乙烯聚合物可以得到離子交換色譜固定相，廣泛用于生物樣品的分離、提純，如在高pH值下清除內毒素和其他生物污染物。

  與硅膠基質離子交換劑比較，聚合物基質離子交換機存在柱效低、分離慢的缺點，并且這種載體在不同有機改性劑中溶脹程度不同，填充床會因微粒溶脹不同而變化，在梯度洗脫中溶脹現象更加明顯。