紫外交聯免疫共沉淀測序(CLIP seq)即紫外交聯免疫沉淀結合高通量測序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughputsequencing)，是一項在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結合蛋白相互作用的革命性技術。其主要原理是基于RNA分子與RNA結合蛋白在紫外照射下發生耦聯，以RNA結合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質復合體沉淀之后，回收其中的RN段，經添加接頭、RT-PCR等步驟，對這些分子進行高通量測序，再經生物信息學的分析和處理、總結，挖掘出其特定規律，從而深入揭示RNA結合蛋白與RNA分子的調控作用及其對生命的意義進而應用于癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化檢測。

在動物體內，成熟的單鏈miRNA與一系列蛋白形成miRNA誘導的沉默復合物(RISC)，結合于靶mRNA的3"-UTR區，阻止所結合的mRNA 的翻譯或直接降解靶miRNA。基于這一原理，我們可以通過CLIP seq技術來進行miRNA靶基因的篩選。CLIP seq方法的應用能夠非常明顯地降低miRNA結合位點的假陽性預測頻率并且減小miRNA結合位點搜尋空間的范圍。可以在全基因組范圍內鑒定AGO2蛋白在不同RNA上的結合位點。

紫外交聯免疫共沉淀測序(CLIP seq)
圖1 CLIP seq原理

技術特點

全轉錄組覆蓋：與CLIP芯片相比，可在全轉錄組范圍對蛋白結合位點進行篩選與鑒定

高靈敏度：每個樣本可獲得數百萬條的序列標簽，可發現研究轉錄組上稀有的蛋白結合位點

高率：可獲得高水平的信噪比數據，準確區分真實事件與噪音，定位蛋白結合位點

假陽性低：相比于傳統預測miRNA靶標方法，能夠準確分析小RNA及靶基因

重復性好：深度測序保證了檢測隨機性，可不需技術重復