通常顯微鏡光源照明可用天然光源，也可用人工光源。
天然光源：
天然光源一般其光線來自天空，由白云反射來的光線*。注意不可利用直接照射來的太陽光進行照明。   
人工光源： 
對人工光源的基本要求是有足夠的發光強度，同時光源發熱不宜過多。 
常用的人工光源有鹵素燈、顯微鏡冷光源及環型LED燈等。 

現在很多顯微鏡都裝設鹵素燈泡，跟傳統的鎢絲燈泡相比，當操縱在相同的電壓下，鹵素燈泡有很大的亮度、很高的色溫。一些鹵素燈泡固然很小，但是在12伏特之下可輸出100瓦的功率。以鹵素燈泡來說，在硅玻璃外罩下的燈絲非常靠近，這樣可以產生很高的燈絲溫度，所以一般的玻璃無法承受這樣的溫度。鹵素燈泡的高燈絲溫度可以產生很高的照明。鹵素燈泡另一種的特征就是硅玻璃不會隨著使用的時間而變黑。這一類型的燈泡即使長時間使用，光的輸出很明顯的不會改變，然而色溫卻會隨著燈泡使用的時間會有一些減少。鹵素燈泡一樣發射出連續頻譜，當操縱在相關的電壓下，色溫的范圍大約是在3200-3250K。由此可裀鹵素燈泡一直都在高溫下操縱，所以在光路徑必須裝有一片濾熱鏡，而且鹵素燈泡要安裝在透風良好的燈屋里。
濾色片：
濾色片通常安裝在光源和聚光鏡之間。其作用是能讓所選擇的某一波段的光線通過，同時吸收掉其他的光線，即可有效改變光線的光譜成分并削弱光的強度。
一般分為兩大類：濾光片和液體濾光器。
濾色片又被稱為濾色片，有藍、黃、白等色。