目前常見的微生物鑒定原理有以下幾種：

1. 酸堿反應：細菌代謝碳水化合物，一般產生酸性物質；分解蛋白質或氨基酸，則產生堿性物質，根據不同細菌的理化性質不同，測定細菌的分解底物導致PH值變化而產生的不同顏色，來判斷菌種。

2. 酶譜分析：根據細菌生長產生酶的特性，在測定底物中加入基質。使其與細菌生長過程中的酶結合成熒光物質，可以在較短的時間判定菌種。

3. 高壓液相色譜分析：用氣相色譜檢測細菌在液體培養基中的代謝產物（揮發和非揮發脂肪酸），結果與數據庫數據比較后，得出鑒定結果。

4. 代謝指紋法：20世紀80年代初，美國BIOLOG公司開發了一種新的微生物鑒定方法-代謝指紋法，并將其應用于微生物的自動化檢測。其原理是根據細菌對碳源（或氮源）利用的差異來區別和鑒定細菌，不同的細菌會利用不同碳源（或氮源）進入新陳代謝過程（稱為呼吸），而對其他一些碳源（或氮源）則無法利用，將每種細菌能利用和不能利用的一系列碳源（或氮源）進行排列組合，就構成了該種細菌特定的代謝指紋，由于細菌在利用碳源進行呼吸時，會發生一系列的氧化-還原反應，產生電子，TTC（四唑紫，2，3，5-TriphenylTetrazoliumChloride）在呼收電子后，會由無色的氧化型轉變為紫色的還原型，通過肉眼觀察或計算機控制的讀數儀，將反應結果同數據庫中的指紋進行比對，從而得到細菌的鑒定結果。

BIOLOG公司的基于代謝指紋法原理的細菌鑒定系統，在擁有二十多項，該系統在在96孔板條上實現95個反應，大大提高了鑒定的準確率，代謝指紋技術的運用，使該系統與傳統的酸堿或細菌的生長反應相比。細菌鑒定的范圍更為廣泛。目前，BIOLOG的微生物鑒定系統不僅能夠鑒定常見的腸桿菌、芽孢桿菌、棒狀桿菌、嗜血桿菌、厭氧菌、酵母樣真菌、絲狀真菌等近2000種微生物，幾乎覆蓋了所有重要的人體、動植物微生物和大部分環境微生物。

現在，美國半數以上的州立實驗室和國家疾控中心（CDC）都在使用BIOLOG公司的產品，十幾年來，BIOLOG公司在六十多個國家和地區共銷售了1700多套微生物鑒定系統，今天，BIOLOG公司也來到了中國，與復星合作成立復星佰路，其專為中國臨床市場開發的基于代謝指紋技術的微生物鑒定及藥敏分析系統將為臨床實驗室和廣大患者帶來更可靠的微生物檢測結果。