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顯微鏡用數碼攝像頭主要從以下幾個方面進行衡量：民用數碼相機還是顯微鏡數碼攝像頭；CCD還是CMOS芯片；像素值高低；色彩還原性；圖像傳輸及采集速度。
一、民用數碼相機還是顯微鏡數碼攝像頭。
1、成像效果：民用數碼相機由于自身帶有鏡頭，而該鏡頭并非專為顯微鏡設計，所以所拍比較容易出現畸變：顯微鏡數碼攝像頭是直接通過C型口與顯微鏡連接，所拍照片無畸變或畸變小。
2、操作性，民用數碼相機操作較麻煩，顯微鏡數碼攝像頭由于一般配有操作軟件，操作比較方便。
3、定倍：民用數碼相機由于自身帶有變焦系統，不好定倍或定倍不準，顯微鏡數碼攝像頭為直接連接顯微鏡，定倍方便而且準確；這對于需要知道倍數或準確疊印標尺的用戶非常重要。
4、價格：同等芯片（CCD/CMOS）及像素值的情況下，民用相機價格遠低于顯微鏡數碼攝像頭。
二、CCD還是CMOS芯片：1、圖像像質：CCD優于CMOS； 2、傳播速度：CMOS較CCD快；3、色彩還原性：CCD遠優于CMOS；4、價格：CCD較CMOS高。
三、像素值高低：
像素當然是越高越好，但要注意廠家所提供的像素值是物理像素值還是通過軟件處理后的像素值，一般來講，現在的主流的民用數碼相機的像素值都在1000萬以上，而顯微鏡數碼攝像頭主流的一般在500萬左右，1000萬以上的就非常貴了，這其中的原因是民用相機生產量大，有規模效益，所以價格能下來，而顯微鏡數碼攝像頭由于產量有限，無規模效益，所以價格偏高，但顯微鏡數碼攝像頭更適合用于顯微攝影。另外，選擇攝像頭一定要根據自己的實際情況來選擇，除了像素值，也應了解芯片的種類。
四、色彩還原性：
這是大家比較容易忽略但卻很重要的一個因素，一般來講，CCD的色彩還原性好于CMOS，但如果對色彩還原特別在意，應該選擇CCD，但CCD的價格奇貴。
五、圖像傳輸及采集速度：
圖像的傳播速度既取決于數碼攝像頭本身，也取決于所用電腦的配置，一般來講像素值超過1000萬的顯微鏡數碼攝像頭，廠家一般會配上一塊圖像加速卡來提高傳播和采集速度，比如OLYMPUS的DP70/71/72系列就采用的這種方式，不僅像素值達到1280萬像素，而且傳播和采集圖像的速度也非常快。
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