倒置熒光顯微鏡是近代發展起來的新式熒光顯微鏡，特點是激發光從物鏡向下落射到標本表面，即用同一物鏡作為照明聚光器和收集熒光的物鏡。光路中需加上一個雙色束分離器，它與光鈾呈45。角，激發光被反射到物鏡中，并聚集在樣品上，樣品所產生的熒光以及由物鏡透鏡表面、蓋玻片表面反射的激發光同時進入物鏡，反回到雙色束分離器，使激發光和熒光分開，殘余激發光再被阻斷濾片吸收。如換用不同的激發濾片/雙色束分離器/阻斷濾片的組合插塊，可滿足不同熒光反應產物的需要。此種熒光顯微鏡的優點是視野照明均勻，成像清晰，放大倍數愈大熒光愈強。倒置熒光顯微鏡由熒光附件與倒置顯微鏡有機結合構成的，主要用于細胞等活體組織的熒光、相差觀察。 倒置顯微鏡（Inverted microscope）是為了適應生物學、醫學等領域中的組織培養、細胞離體培養、浮游生物、環境保護、食品檢驗等顯微觀察。由于這些活體被檢物體均放置在培養皿（或培養瓶）中，這樣就要求倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡的工作距離很長，能直接對培養皿中的被檢物體進行顯微觀察和研究。因此，物鏡、聚光鏡和光源的位置都顛倒過來，故稱為"倒置顯微鏡"。倒置顯微鏡多用于無色透明的活體觀察，在倒置顯微鏡的基礎上添加一套熒光附件：激光激發塊，熒光光源，熒光照明器，激發塊切換裝置，即可進行倒置熒光觀察。

　　進口四*顯微鏡都有相應的倒置熒光顯微鏡，如奧林巴斯的IX71倒置熒光顯微鏡，CKX41倒置熒光顯微鏡。國產品牌顯微鏡廠家近年隨著相差技術與熒光成像技術的不斷提升，也推出多款倒置熒光顯微鏡，北京中顯DSY5000X就是一款，其熒光亮度高，且成像清晰，接近國外同類中檔顯微鏡的水準