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通常在熒光顯微鏡下拍攝微弱的熒光影像是一個較大的問題，也是迄今為止顯微鏡廠家和影像采集裝置制造者始終努力探求改善的一個重要內容。同時，也不斷有新的裝置在出現。
那我們應該怎樣做呢？
1）應盡量完善的樣本的制備；
2）應清洗干凈的樣品載體，如載玻片，蓋玻片等，以近一步消除不必要的雜熒光干擾；
3）應盡量選取高質量的熒光顯微鏡；
4）應合理使用適合不同熒光光譜的熒光物鏡；
5）應選取zui合適的激發光源；
6）應選取高敏感度和大動態范圍的CCD，也可用EMCCD等；
7）攝像頭的調整可適當增加增益，但應盡量避免產生因其引起的信噪比降低等問題。建議可用過濾的方法近一步消除噪音信號；此外，在降低攝像頭的分辨率問題上，很多使用者往往在拍攝熒光影像時，也會使用很高的分辨率，在通常情況下這是不常被推薦方法的。
8）可適當增加曝光時間，同時也要注意時間延長對熒光樣品的淬滅影響，建議可使用一些抗淬滅劑；
9）更應注意降低拍攝環境的光線干擾，如背景光等，這也是非常值得注意的。
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