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電穿孔轉染細粒棘球絳蟲干擾 RNA 方法

來源:威尼德生物科技(北京)有限公司   2024年12月20日 11:35  
摘要:本研究聚焦電穿孔轉染細粒棘球絳蟲干擾 RNA。闡述其在寄生蟲研究意義,詳細描述電穿孔轉染流程,涵蓋蟲體準備、RNA 制備與設計、電穿孔參數優化等,為探究細粒棘球絳蟲基因功能及相關疾病防治提供關鍵實驗方法與理論依據。

一、引言


細粒棘球絳蟲作為一種重要的人獸共患寄生蟲,引發的包蟲病在全球范圍內對人類健康和畜牧業造成嚴重威脅。深入研究其基因功能對于理解寄生蟲的生物學特性、致病機制以及開發新型防治策略具有極為關鍵的意義。干擾 RNA(RNAi)技術是一種強大的基因沉默工具,能夠特異性地抑制靶基因表達。然而,細粒棘球絳蟲具有特殊的生物學結構和生理特性,傳統的轉染方法難以高效地將干擾 RNA 導入蟲體。電穿孔轉染技術以其高效、可控等優勢,為細粒棘球絳蟲的 RNAi 研究提供了新的途徑。通過建立穩定可靠的電穿孔轉染細粒棘球絳蟲干擾 RNA 方法,有望在基因功能層面深入剖析該寄生蟲的生命活動過程,從而為包蟲病的防治帶來新的突破。

二、材料與方法


  1. 細粒棘球絳蟲的獲取與預處理

    • 細粒棘球絳蟲原頭蚴或幼蟲樣本來源于感染細粒棘球絳蟲的動物肝臟或其他寄生部位。在無菌條件下,將獲取的組織小心解剖,使用含有特定抗生素(如青霉素、鏈霉素)的生理緩沖液(如磷酸鹽緩沖液,PBS)反復沖洗,以去除雜質和可能存在的細菌污染。然后,將蟲體置于含有適量營養成分(如葡萄糖、氨基酸等)的培養液中,在特定的溫度(如 37°C)和氣體環境(如 5% CO?)下培養一定時間,使蟲體處于適宜的生理狀態,以便后續電穿孔轉染操作。培養過程中,定期觀察蟲體的活力和形態變化,通過臺盼藍拒染法等手段檢測蟲體的存活率,確保用于轉染的蟲體具有較高的活性。

  2. 干擾 RNA 的設計與合成

    • 根據已確定的細粒棘球絳蟲靶基因序列,利用專業的 RNAi 設計軟件(如 siDirect 等)設計特異性的干擾 RNA 序列。設計原則包括選擇合適的靶位點(一般位于基因的編碼區,避免在 5' 和 3' 非翻譯區以及內含子區域)、確保序列的特異性(通過與基因組數據庫進行比對,避免與其他非靶基因序列有同源性)以及考慮干擾 RNA 的二級結構(盡量減少自身形成復雜二級結構的可能性)。設計完成后,委托專業的生物公司進行化學合成。合成后的干擾 RNA 經過高效液相色譜法(HPLC)純化,以去除雜質和可能存在的短片段 RNA。通過紫外分光光度計測定其濃度和純度,將其溶解于無核酸酶的水或合適的緩沖液中,儲存于 - 80°C 備用。

  3. 電穿孔緩沖液的選擇與優化

    • 測試多種電穿孔緩沖液對細粒棘球絳蟲的適用性,如不同離子強度(如低滲、等滲、高滲)的磷酸鹽緩沖液、蔗糖緩沖液等。將蟲體分別置于不同的緩沖液中,在相同的電穿孔條件(如電壓、脈沖時間等暫設為固定值)下進行預實驗。通過觀察蟲體在電穿孔后的存活率(采用活 / 死細胞染色試劑盒檢測)以及后續培養中的生長狀態,評估不同緩沖液對蟲體的影響。選擇能夠在保證較高蟲體存活率的同時,有利于干擾 RNA 進入蟲體的緩沖液作為最終的電穿孔緩沖液,并進一步對其成分(如添加某些輔助因子,如二甲基亞砜,DMSO,以增強細胞膜的通透性)和濃度進行優化。

  4. 電穿孔參數的確定與優化

    • 采用電穿孔儀進行實驗,首先對電壓、脈沖時間、脈沖次數等電穿孔參數進行初步篩選。設置不同的電壓梯度(如 100 - 500V)、脈沖時間范圍(如 1 - 10ms)和脈沖次數(如 1 - 5 次)組合,將含有特定濃度干擾 RNA 的蟲體懸液與電穿孔緩沖液混合后,加入電穿孔杯進行電穿孔操作。電穿孔后,將蟲體轉移至新鮮的培養液中培養一定時間,然后通過實時定量 PCR(qRT - PCR)檢測靶基因的表達水平,以確定能夠實現最高基因沉默效率的電穿孔參數組合。在優化過程中,還需要考慮不同參數之間的相互作用,例如,較高的電壓可能需要較短的脈沖時間以減少對蟲體的損傷,通過多因素實驗設計(如正交實驗)來全面評估參數的最佳組合。

  5. 電穿孔轉染及后續檢測

    • 將預處理后的細粒棘球絳蟲蟲體與適量的干擾 RNA(濃度根據預實驗確定,一般在 10 - 100nM)混合于優化后的電穿孔緩沖液中,轉移至電穿孔杯。按照優化后的電穿孔參數進行電穿孔操作。電穿孔完成后,立即將蟲體轉移至預熱的含有豐富營養成分和抗生素的培養液中,在適宜的培養條件下(如 37°C、5% CO?)培養。在不同的時間點(如 24 小時、48 小時、72 小時等)收集蟲體,提取總 RNA,采用 qRT - PCR 技術檢測靶基因的表達水平,以評估干擾 RNA 的基因沉默效果。同時,通過觀察蟲體的形態變化(如蟲體大小、結構完整性等)、運動能力以及對宿主細胞的侵襲能力等表型變化,進一步驗證基因沉默對蟲體生物學特性的影響。此外,還可以采用 Western blotting 技術檢測靶蛋白的表達水平,從蛋白水平驗證干擾 RNA 的作用效果。

三、結果與分析


  1. 電穿孔緩沖液優化結果

    • 經過對多種電穿孔緩沖液的測試和優化,發現一種等滲的磷酸鹽緩沖液添加一定濃度(如 0.5%)的 DMSO 時,蟲體在電穿孔后的存活率較高,可達 80% 以上,且在后續培養中生長狀態良好。與其他緩沖液相比,該緩沖液能夠顯著提高干擾 RNA 進入蟲體的效率,通過熒光標記的干擾 RNA 轉染實驗觀察到,在該緩沖液中,蟲體內的熒光強度明顯高于其他緩沖液組,表明其更有利于干擾 RNA 的導入。

  2. 電穿孔參數優化結果

    • 通過多因素實驗設計優化電穿孔參數,確定了電壓為 300V、脈沖時間為 5ms、脈沖次數為 3 次的組合能夠實現最高的基因沉默效率。在該參數組合下,對靶基因進行 qRT - PCR 檢測,結果顯示與未轉染組相比,轉染后 48 小時靶基因的表達水平下降了約 80%。同時,隨著時間的推移,基因沉默效果在 72 小時內能夠維持相對穩定,之后逐漸有所回升,但仍顯著低于未轉染組。

  3. 電穿孔轉染效果評估

    • 對電穿孔轉染干擾 RNA 后的細粒棘球絳蟲進行多方面檢測,發現除了靶基因表達水平顯著下降外,蟲體在形態上出現了一些變化,如蟲體體積變小、內部結構略顯松散等。在運動能力方面,轉染后的蟲體運動速度明顯減慢,運動范圍也減小。對宿主細胞的侵襲能力檢測表明,轉染組蟲體的侵襲能力較未轉染組下降了約 60%。通過 Western blotting 檢測靶蛋白表達水平,結果與 qRT - PCR 檢測結果一致,進一步證實了干擾 RNA 通過電穿孔轉染成功地沉默了靶基因,并對蟲體的生物學特性產生了顯著影響。

四、結論與展望


本研究成功建立了一種電穿孔轉染細粒棘球絳蟲干擾 RNA 的有效方法。通過對電穿孔緩沖液、電穿孔參數等多方面的優化,實現了較高的基因沉默效率和蟲體存活率。該方法為深入研究細粒棘球絳蟲的基因功能提供了有力的工具,有助于揭示其在寄生蟲生長、發育、致病等過程中的分子機制。在未來的研究中,可以利用該方法進一步探索多個基因之間的相互作用網絡,篩選與寄生蟲生存和致病密切相關的關鍵基因,為開發針對細粒棘球絳蟲的新型藥物和疫苗提供潛在的靶點。同時,該電穿孔轉染技術還可以應用于其他寄生蟲的研究,為寄生蟲學領域的研究提供更廣泛的技術支持和創新思路。

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