在生命科學領域,STED技術以其優(yōu)異的空間分辨率成為科學家們研究亞細胞結構及蛋白定位的強有力工具。肌動蛋白微絲、微管、線粒體和核孔復合物等細胞結構也被選為常用的標準模型來檢驗超高分辨成像系統(tǒng)的分辨率。STED超高分辨技術可以揭示核孔復合物(nuclear pore complex, NPC)在早期G1期的蛋白質組成,并使通過NPC輸出和輸入信使核糖核蛋白復合物和肽的可視化成為可能(Ashkenazy-Titelman et al., Nat Commun., 2022; Shi et al., Proc. Natl Acad. Sci., 2017)。由于DNA復制、修復和轉錄的動力學不能用電子顯微鏡來闡明,因此,核內(nèi)染色質的研究特別受益于新型STED兼容的DNA探針的發(fā)展。此外,一些染色質亞結構,如環(huán)、彎或超線圈,不能用傳統(tǒng)的衍射受限的熒光顯微鏡來分辨。用YOYO-1標記的λ噬菌體DNA進行STED成像,可分辨DNA的彎曲和扭曲,并證明其足以分辨長度相近的片段(相差約100bp)(Persson et al., Angew. Chem. Int. Ed., 2011; Kim et al., Anal. Bioanal. Chem., 2016)。與Hoechst偶聯(lián)的遠紅染料可以顯示異染色質排斥區(qū)(直徑約155 nm) 或有絲分裂染色體的DNA環(huán)(Hell et al., Chem. Sci., 2019; Spahn et al., Nano Lett., 2019)。
線粒體內(nèi)膜在不同生理條件下可發(fā)生重塑,STED超高分辨技術曾展示了人類細胞中相鄰的嵴連接(crista junctions, CJs)以可逆和平衡的方式動態(tài)地相互作用和分離,使用不同的蛋白標記或兩種親脂性內(nèi)膜特異性染料對嵴膜(cristae membranes, CM)進行染色,進一步揭示了嵴經(jīng)歷了連續(xù)的膜重塑循環(huán),這些事件伴隨著不同嵴內(nèi)膜電位隨時間的波動,作者利用多種技術提出了一個CJ動力學模型,該模型在機制上與CM重塑相關,代表了在單個線粒體內(nèi)發(fā)生的嵴膜分裂和融合事件(Kondadi et al., EMBO reports, 2020)。結合STED超高分辨技術以及電子顯微技術,Gemmink等shouci顯示了在人體骨骼肌切片中,PLIN2和PLIN5(perilipin 2和perilipin 5)并不是共定位,而是分別并排定位于細胞內(nèi)脂滴(Intramyocellular lipid droplets , LD)的不同膜位點,PLIN5除了位于細胞質外,還位于線粒體附近以及線粒體和脂滴的相互作用位點,支持PLIN5參與促進脂肪酸從LD釋放,用于線粒體脂肪氧化的觀點,PLIN2和PLIN5的空間分布,將有助于我們理解生理和病理生理條件下的肌細胞脂滴脂解(Gemmink et al., BBA - Molecular and Cell Biology of Lipids, 2018)。
內(nèi)質網(wǎng)(ER)由相互連接的膜片和小管組成,超高分辨率顯微鏡發(fā)現(xiàn)了密集排列、快速移動的內(nèi)質網(wǎng)小管,被傳統(tǒng)光學顯微鏡誤認為是膜片,這也說明了在活細胞中以高時空分辨率重新審視內(nèi)質網(wǎng)結構的經(jīng)典觀點的重要性。Schroeder等利用活細胞STED成像shouci在活細胞中測定了內(nèi)質網(wǎng)小管和膜片的納米級尺寸,揭示了內(nèi)質網(wǎng)區(qū)域內(nèi)的納米孔的存在,并表明膜片中的納米孔不同于均勻膜片和ER矩陣(Nixon-Abell et al., Science. 2016),而是代表了組成內(nèi)質網(wǎng)子域的膜結構局部連續(xù)體的元素,這與教科書中對ER膜片和小管的定義不同,作為活細胞中ER的膜特征,納米孔提供了一個更全面的ER結構視圖,這可能有助于我們未來理解ER結構與疾病之間的關系(Schroeder et al., J. Cell Biol. 2018)。
STED超高分辨技術還助力理解細胞代謝狀態(tài)變化如何導致細胞器相互作用重新連接的關鍵。Jang等發(fā)現(xiàn)饑餓誘導的內(nèi)體募集MTM1(在人類x連鎖中央核肌病中突變的磷脂酰肌醇3-磷酸[PI(3)P] 3-磷酸酶)損害了腎小管內(nèi)質網(wǎng)膜與早期內(nèi)體之間PI(3)P依賴的接觸形成,導致內(nèi)質網(wǎng)小管轉化為片層,抑制線粒體分裂和持續(xù)的氧化代謝,揭示了細胞適應波動的營養(yǎng)環(huán)境中早期內(nèi)體-內(nèi)質網(wǎng)接觸位點在線粒體形態(tài)和功能中的作用(Jang et al., Science. 2022)。從內(nèi)質網(wǎng)運輸?shù)礁郀柣w的跨膜蛋白,干擾素基因刺激因子(Stimulator of interferon genes, STING),被蛋白激酶TBK1磷酸化從而實現(xiàn)信號轉導,STED超高分辨技術揭示了網(wǎng)格蛋白相關接頭蛋白復合物1(AP-1)將磷酸化的STING分類到網(wǎng)格蛋白包被的運輸囊泡中,并將其運送到內(nèi)溶酶體系統(tǒng)以降解和終止信號傳導(Liu et al., Nature. 2022)。
在神經(jīng)科學領域,STED技術被廣泛應用于研究神經(jīng)元突觸的結構和功能。例如Kedia等將培養(yǎng)的小鼠原代海馬神經(jīng)元及腦片用于觀察神經(jīng)元單個興奮性突觸及其區(qū)域內(nèi)蛋白質的快速動態(tài)過程,評估納米尺度的神經(jīng)組織異質性,提供了對神經(jīng)元結構和功能的新見解。在多種AD模型鼠的幫助下,他們發(fā)現(xiàn)淀粉樣蛋白形成機制的主要成分(amyloid precursor protein,APP,和分泌酶)被離散地組織成局部濃度較高的納米結構域,并且這種局部改變特征成為阿爾茨海默病中的淀粉樣蛋白生成的決定性因素(Kedia et al., iScience, 2021; Kedia et al., STAR Protocols, 2021)。
STED超高分辨技術還被用于研究成熟樹突狀細胞(dendritic cells, DCs)捕獲HIV病毒,作者發(fā)現(xiàn)DCs的活化導致免疫球蛋白樣凝集素受體CD169 (Siglec-1)在特定的質膜區(qū)域形成納米團簇,增強了受體對攜帶唾液酸配體的神經(jīng)節(jié)苷脂的限制性濃度的親和力,與HIV-1顆粒或含神經(jīng)節(jié)苷脂的脂質體結合后,Siglec-1納米聚簇和以RhoA活性下降為特征的整體肌動蛋白重排增強,從而促進病毒顆粒在單個囊樣間隔內(nèi)的最終積累(Gutiérrez-Martínez et al., Elife, 2023)。STED還有助于理解黏著斑、緊密連接和初級纖毛的關鍵蛋白的排列及功能(Spiess et al., J. Cell Biol., 2018; Mangeol et al., Elife, 2022; Yang et al., Methods Mol Biol., 2016)
超高分辨顯微鏡可以探索微觀世界的無限可能性,已經(jīng)chedi改變了科學研究的方式。在細胞生物學領域,它被用于研究亞細胞結構,如微絲、微管、肌動蛋白等,細胞器如線粒體、溶酶體等,分子分布和細胞膜動態(tài)、觀察蛋白質的相互作用;在神經(jīng)科學領域,它可用于觀察神經(jīng)元的亞細胞結構和突觸的細節(jié),有助于解剖和理解神經(jīng)系統(tǒng)的結構和功能,以及神經(jīng)系統(tǒng)相關疾病的機制;在癌癥研究領域,被用于研究癌細胞的特征、蛋白質分布以及腫瘤微環(huán)境,這對于癌癥的早期診斷和治療規(guī)劃非常重要;在材料科學領域,它被用于研究納米材料的結構和性質、幫助科學家精確控制和制備納米結構;在藥物研發(fā)領域,它可用于研究藥物靶標蛋白的定位和與其他分子的相互作用,助力藥物設計和篩選;在微生物領域,規(guī)避了電子顯微鏡無法進行活體成像等弊端,可以更加推進微生物學發(fā)展。隨著未來技術的進一步發(fā)展和完善,STED將在揭示生命現(xiàn)象的微觀機制方面展現(xiàn)出更大的潛力,STED技術將朝向更高的成像速度、更深的成像深度以及更廣的應用范圍發(fā)展。