在微生物的分離與培養過程中，樣本來源往往多種多樣，可能是土壤、水體、動植物組織等復雜環境。當從這些樣本中分離微生物時，拍打式均質器可以將樣本充分打散，使微生物從其附著的基質中釋放出來，并均勻分布在培養基中。例如，從土壤中分離放線菌時，土壤顆粒會包裹著放線菌，通過均質器的處理，可以打破這種束縛，增加放線菌與培養基的接觸機會，提高分離效率。而且，在制備微生物的混合培養物時，均質器可以確保不同種類的微生物均勻分布，便于研究微生物之間的相互作用，如共生、競爭關系等。

在微生物的生理生化研究方面，拍打式均質器也有著重要意義。當研究微生物對特定底物的利用能力時，需要將底物與微生物細胞均勻混合。例如，在研究酵母菌對糖類的發酵能力時，通過均質器將糖類溶液和酵母菌細胞充分混合，能夠保證每個酵母菌細胞都有相同的底物供應條件，從而準確地研究其發酵速率、代謝產物等生理生化指標。對于微生物酶活性的研究，均質器可以將含有酶的微生物細胞破碎，使酶釋放出來并均勻分散在反應體系中，便于檢測酶的活性和特性。