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催化信號(hào)放大系統(tǒng)在原位雜交檢測(cè)的應(yīng)用

來源:威尼德生物科技(北京)有限公司   2024年11月19日 18:01  

一、引言


原位雜交(In situ hybridization,ISH)作為一種重要的分子生物學(xué)技術(shù),能夠在細(xì)胞或組織水平上對(duì)特定的核酸序列進(jìn)行定位和檢測(cè)。它為研究基因在染色體上的定位、特定組織中的表達(dá)模式以及疾病相關(guān)的基因變化等提供了有力手段。隨著科學(xué)研究的不斷深入,對(duì)原位雜交檢測(cè)的靈敏度和特異性要求越來越高。傳統(tǒng)的原位雜交方法在一些低表達(dá)基因或微量核酸樣本的檢測(cè)中可能存在局限性。


催化信號(hào)放大系統(tǒng)(Catalyzed signal amplification system)的出現(xiàn)為解決這些問題帶來了新的曙光。該系統(tǒng)能夠通過一系列的酶促反應(yīng),對(duì)雜交信號(hào)進(jìn)行顯著放大,從而使我們能夠更清晰、準(zhǔn)確地檢測(cè)到目標(biāo)核酸序列,即使在復(fù)雜的生物樣本環(huán)境中也能有效識(shí)別低豐度的核酸分子。這種技術(shù)的應(yīng)用不僅拓寬了原位雜交的適用范圍,而且在基因診斷、腫瘤研究、發(fā)育生物學(xué)等眾多領(lǐng)域都有著深遠(yuǎn)的影響。

二、原位雜交技術(shù)原理


原位雜交技術(shù)是基于核酸分子的堿基互補(bǔ)配對(duì)原則。將標(biāo)記有特定標(biāo)記物(如放射性同位素、熒光素)的核酸探針與組織或細(xì)胞內(nèi)的靶核酸進(jìn)行雜交。如果樣本中存在與探針互補(bǔ)的序列,探針就會(huì)與其特異性結(jié)合,然后通過檢測(cè)標(biāo)記物來確定靶核酸的位置和表達(dá)情況。


對(duì)于放射性同位素標(biāo)記的探針,可通過放射自顯影來檢測(cè);對(duì)于非放射性標(biāo)記的探針,如熒光標(biāo)記的探針可直接在熒光顯微鏡下觀察,等標(biāo)記的探針則需要通過相應(yīng)的免疫檢測(cè)方法結(jié)合顯色反應(yīng)來顯示信號(hào)。

三、催化信號(hào)放大系統(tǒng)原理


催化信號(hào)放大系統(tǒng)主要利用了酶的催化活性。以常用的辣根過氧化物酶(HRP)為基礎(chǔ)的催化放大系統(tǒng)為例,在雜交完成后,與靶核酸結(jié)合的探針上連接有特定的底物結(jié)合位點(diǎn)。首先,加入與底物結(jié)合位點(diǎn)特異性結(jié)合的標(biāo)記物 - 酶復(fù)合物(如 HRP 復(fù)合物),這些復(fù)合物會(huì)特異性地結(jié)合到探針上。然后,加入底物溶液,在 HRP 的催化作用下,底物發(fā)生化學(xué)反應(yīng),產(chǎn)生一種可檢測(cè)的信號(hào)。


關(guān)鍵在于,HRP 可以持續(xù)催化底物反應(yīng),一個(gè)酶分子在一定時(shí)間內(nèi)可以催化大量的底物分子發(fā)生反應(yīng),從而實(shí)現(xiàn)信號(hào)的放大。而且,可以通過優(yōu)化反應(yīng)條件,如底物濃度、反應(yīng)時(shí)間等,進(jìn)一步增強(qiáng)信號(hào)放大效果。此外,還有一些新型的催化信號(hào)放大系統(tǒng)利用了其他酶類和更好的底物 - 酶反應(yīng)機(jī)制,進(jìn)一步提高了信號(hào)放大的效率和特異性。

四、實(shí)驗(yàn)部分

(一)實(shí)驗(yàn)材料


  1. 樣本

    • 不同來源的組織切片,包括正常組織(如正常小鼠肝臟組織、人類正常宮頸組織等)和病變組織(如肝癌組織、宮頸癌組織等)。

    • 培養(yǎng)的細(xì)胞系,如 HeLa 細(xì)胞、MCF - 7 細(xì)胞等,經(jīng)過不同處理(如誘導(dǎo)特定基因表達(dá)或抑制特定基因表達(dá))。

  2. 探針

    • 根據(jù)研究目標(biāo)基因設(shè)計(jì)合成的核酸探針,標(biāo)記有適合與催化信號(hào)放大系統(tǒng)結(jié)合的標(biāo)記物(如生物素)。探針長(zhǎng)度一般在 20 - 500bp 之間,經(jīng)過嚴(yán)格的質(zhì)量檢測(cè),確保其特異性和純度。

  3. 試劑

    • 催化信號(hào)放大系統(tǒng)相關(guān)試劑,包括酶 - 標(biāo)記物復(fù)合物(如 HRP 復(fù)合物)、底物溶液(如 3,3'- 二氨基聯(lián)苯胺(DAB)溶液等用于 HRP 催化顯色反應(yīng))。

    • 原位雜交緩沖液、蛋白酶 K 溶液、多聚甲醛等固定液、洗滌緩沖液等常規(guī)原位雜交試劑。

(二)實(shí)驗(yàn)方法


  1. 樣本制備

    • 對(duì)于組織切片,將新鮮采集的組織標(biāo)本用多聚甲醛固定,然后經(jīng)過脫水、石蠟包埋等步驟制成石蠟切片。切片厚度一般為 4 - 6μm。在進(jìn)行原位雜交前,將石蠟切片脫蠟至水,然后用蛋白酶 K 進(jìn)行適當(dāng)消化,以增加細(xì)胞膜和核膜的通透性,便于探針進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)與靶核酸結(jié)合。

    • 對(duì)于細(xì)胞系,將培養(yǎng)的細(xì)胞用胰蛋白酶消化后,收集細(xì)胞,涂片或用細(xì)胞爬片的方式固定在載玻片上。同樣用多聚甲醛固定后,進(jìn)行適當(dāng)?shù)耐ㄍ柑幚怼?/p>

  2. 原位雜交

    • 將制備好的樣本玻片放入含有雜交緩沖液和探針的雜交液中,在合適的溫度(一般根據(jù)探針的類型和長(zhǎng)度,在 37 - 65°C 之間)下進(jìn)行雜交反應(yīng),時(shí)間通常為 2 - 16 小時(shí)。雜交完成后,用嚴(yán)格的洗滌緩沖液進(jìn)行洗滌,以去除未結(jié)合的探針。

  3. 催化信號(hào)放大系統(tǒng)操作

    • 加入與探針標(biāo)記物特異性結(jié)合的酶 - 標(biāo)記物復(fù)合物(標(biāo)記的探針加入 HRP 復(fù)合物),在適宜的溫度(如 37°C)下孵育 30 - 60 分鐘,使復(fù)合物與探針充分結(jié)合。然后用洗滌緩沖液洗滌,去除未結(jié)合的復(fù)合物。

    • 加入底物溶液進(jìn)行顯色反應(yīng)。以 HRP - DAB 系統(tǒng)為例,在加入 DAB 底物溶液后,觀察顏色變化。反應(yīng)時(shí)間根據(jù)信號(hào)強(qiáng)度進(jìn)行調(diào)整,一般為 5 - 30 分鐘。可以在顯微鏡下實(shí)時(shí)觀察顯色情況,當(dāng)達(dá)到合適的信號(hào)強(qiáng)度時(shí),用蒸餾水終止反應(yīng)。

(三)實(shí)驗(yàn)結(jié)果


  1. 信號(hào)強(qiáng)度比較

    • 通過與傳統(tǒng)原位雜交方法(未使用催化信號(hào)放大系統(tǒng))對(duì)比,在相同的基因檢測(cè)實(shí)驗(yàn)中,使用催化信號(hào)放大系統(tǒng)的樣本顯示出明顯更強(qiáng)的信號(hào)。例如,在檢測(cè)低表達(dá)的腫瘤抑制基因 PTEN 在肝癌組織中的表達(dá)時(shí),傳統(tǒng)方法僅能檢測(cè)到微弱的信號(hào),而使用催化信號(hào)放大系統(tǒng)后,能夠清晰地觀察到 PTEN 基因在細(xì)胞核和細(xì)胞質(zhì)中的表達(dá)情況,信號(hào)強(qiáng)度增強(qiáng)了數(shù)倍。

  2. 特異性分析

    • 為了驗(yàn)證催化信號(hào)放大系統(tǒng)的特異性,設(shè)計(jì)了一系列對(duì)照實(shí)驗(yàn)。包括使用與目標(biāo)基因序列有一定差異的錯(cuò)配探針進(jìn)行雜交,以及在沒有目標(biāo)基因的陰性對(duì)照樣本中進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。結(jié)果顯示,在錯(cuò)配探針實(shí)驗(yàn)和陰性對(duì)照樣本中,幾乎沒有信號(hào)產(chǎn)生,表明該系統(tǒng)具有很高的特異性,能夠準(zhǔn)確地識(shí)別目標(biāo)基因序列,不會(huì)產(chǎn)生非特異性的信號(hào)放大。

  3. 不同樣本類型的應(yīng)用結(jié)果

    • 在不同來源的組織切片和細(xì)胞系中,催化信號(hào)放大系統(tǒng)均表現(xiàn)出良好的性能。無論是正常組織還是病變組織,都能夠有效地檢測(cè)到目標(biāo)基因的表達(dá)情況。在細(xì)胞系實(shí)驗(yàn)中,對(duì)于經(jīng)過不同處理導(dǎo)致基因表達(dá)變化的細(xì)胞,也能夠準(zhǔn)確地反映出基因表達(dá)的差異,為基因功能研究提供了可靠的檢測(cè)手段。

五、催化信號(hào)放大系統(tǒng)在不同領(lǐng)域的應(yīng)用

(一)腫瘤研究


在腫瘤研究中,原位雜交結(jié)合催化信號(hào)放大系統(tǒng)可用于檢測(cè)腫瘤相關(guān)基因的表達(dá)變化。例如,檢測(cè)癌基因(如 HER - 2、KRAS 等)的過表達(dá)和腫瘤抑制基因(如 p53、PTEN 等)的缺失或低表達(dá)。通過對(duì)腫瘤組織切片的分析,可以了解腫瘤的發(fā)生發(fā)展機(jī)制,為腫瘤的診斷、分型和預(yù)后評(píng)估提供重要依據(jù)。此外,還可以用于檢測(cè)腫瘤細(xì)胞中的病毒核酸(如人乳頭瘤病毒(HPV)在宮頸癌中的檢測(cè)),有助于闡明病毒與腫瘤發(fā)生的關(guān)系。

(二)發(fā)育生物學(xué)


在胚胎發(fā)育過程中,基因的時(shí)空表達(dá)模式對(duì)于胚胎的正常發(fā)育至關(guān)重要。利用原位雜交結(jié)合催化信號(hào)放大系統(tǒng),可以研究特定基因在胚胎不同發(fā)育階段、不同組織和器官中的表達(dá)情況。例如,研究神經(jīng)發(fā)育相關(guān)基因在胚胎腦發(fā)育過程中的表達(dá),能夠幫助我們理解神經(jīng)系統(tǒng)的形成機(jī)制,以及相關(guān)基因在發(fā)育異常疾病(如神經(jīng)管缺陷等)中的作用。

(三)微生物學(xué)


在微生物感染的研究中,可以檢測(cè)病原體在宿主細(xì)胞內(nèi)的核酸存在情況。例如,在檢測(cè)結(jié)核分枝桿菌在肺部組織中的感染情況時(shí),原位雜交結(jié)合催化信號(hào)放大系統(tǒng)能夠提高檢測(cè)的靈敏度,即使在低載量的病原體感染情況下也能準(zhǔn)確檢測(cè),有助于早期診斷和治療。同時(shí),對(duì)于研究微生物在宿主內(nèi)的分布和與宿主細(xì)胞的相互作用也有重要意義。

六、討論

(一)優(yōu)勢(shì)


  1. 高靈敏度
    催化信號(hào)放大系統(tǒng)顯著提高了原位雜交檢測(cè)的靈敏度,使得低豐度的核酸序列能夠被有效檢測(cè)。這對(duì)于研究低表達(dá)基因、微量病原體核酸等具有重要意義,擴(kuò)大了原位雜交技術(shù)的應(yīng)用范圍。

  2. 高特異性
    通過合理設(shè)計(jì)探針和優(yōu)化實(shí)驗(yàn)條件,該系統(tǒng)能夠保持很高的特異性,減少了假陽性結(jié)果的產(chǎn)生。這對(duì)于準(zhǔn)確的基因表達(dá)分析和疾病診斷至關(guān)重要。

  3. 廣泛適用性
    適用于多種類型的樣本,包括不同組織來源的切片和各種細(xì)胞系。而且可以檢測(cè)多種類型的核酸(DNA 和 RNA),在不同的研究領(lǐng)域都有著出色的應(yīng)用表現(xiàn)。

(二)局限性及改進(jìn)措施


  1. 背景噪音問題
    在某些情況下,可能會(huì)出現(xiàn)一定程度的背景噪音,影響信號(hào)的清晰度。這可能是由于樣本處理不當(dāng)、洗滌不充分或酶 - 標(biāo)記物復(fù)合物的非特異性結(jié)合等原因?qū)е隆8倪M(jìn)措施包括優(yōu)化樣本制備流程,增加洗滌次數(shù)和嚴(yán)格控制洗滌條件,以及篩選更優(yōu)質(zhì)的酶 - 標(biāo)記物復(fù)合物。

  2. 復(fù)雜樣本中的干擾
    在復(fù)雜的生物樣本(如含有大量雜質(zhì)的組織或混合細(xì)胞樣本)中,可能會(huì)存在一些干擾因素影響檢測(cè)結(jié)果。可以通過進(jìn)一步優(yōu)化雜交條件,如調(diào)整雜交緩沖液的成分、溫度和時(shí)間等,以及采用更特異性的探針設(shè)計(jì)來減少干擾。

七、結(jié)論


催化信號(hào)放大系統(tǒng)在原位雜交檢測(cè)中的應(yīng)用為生物醫(yī)學(xué)研究帶來了新的突破。它通過增強(qiáng)檢測(cè)信號(hào)的靈敏度和特異性,在腫瘤研究、發(fā)育生物學(xué)、微生物學(xué)等眾多領(lǐng)域發(fā)揮了重要作用。盡管目前還存在一些局限性,但隨著技術(shù)的不斷改進(jìn)和優(yōu)化,相信該系統(tǒng)將在未來的基因分析和疾病診斷等方面展現(xiàn)出更大的潛力,為生命科學(xué)研究和臨床實(shí)踐提供更準(zhǔn)確、有效的檢測(cè)手段。

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