RNA(核糖核酸)比DNA(脫氧核糖核酸)在提取過程中更容易降解的原因主要與它們的化學結(jié)構(gòu)不同和提取中的不當操作有關。
一、化學結(jié)構(gòu)差異:
DNA與RNA結(jié)構(gòu)對比
1、RNA是單鏈結(jié)構(gòu),與DNA的雙鏈結(jié)構(gòu)相比,它更不穩(wěn)定。
DNA的雙鏈結(jié)構(gòu)與RNA的單鏈結(jié)構(gòu)
2、2' 位的羥基:RNA分子中的核糖含有一個2' 位的羥基(-OH),而DNA中的脫氧核糖在這個位置上是一個氫原子。這個額外的羥基使得RNA分子更加不穩(wěn)定,因為它可以促進自發(fā)的水解反應,導致RNA鏈斷裂。
DNA與RNA 2’ 位基團對比
二、提取體系中RNA酶的影響:
1、內(nèi)源性RNA酶:存在于細胞內(nèi),即使在細胞裂解后也能繼續(xù)降解RNA。
2、外源性RNA酶:環(huán)境中廣泛存在,如空氣、皮膚、實驗室用品(手套、試管等)中都有可能攜帶RNA酶。
三、實驗操作不當:
1、使用的試劑和器械沒有經(jīng)過DEPC(焦碳酸二乙酯)處理,無法有效滅活RNA酶。
2、抑制劑失效或用量不足,不能有效抑制RNA酶的活性。
3、實驗樣品過多或勻漿溫度過高,導致RNA酶活性增加。
4、pH值和溫度的變化,特別是在堿性條件下,RNA的堿基容易被脫氨基,從而導致鏈斷裂;高溫也會引起RNA分子的部分降解。
四、應該怎么做能減少RNA的降解?
為了減少RNA在提取過程中的降解,需要采取一系列措施,包括使用無RNA酶的實驗室用品、在低溫下操作、使用RNA穩(wěn)定劑、使用成品試劑盒等。通過這些方法可以有效地減少RNA降解的風險,確保獲得高質(zhì)量的RNA樣品用于下游分析。
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