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疏水色譜柱采用具有適度疏水性的填料作為固定相，以含鹽的水溶液作為流動相。在高濃度鹽溶液中親水性較強的物質分子內部的疏水基團外露，這些疏水基團可以與疏水的固定相以疏水作用力相結合(吸附)。由于不同物質與固定相之間的疏水作用力大小不同，可以通過改變極性流動相的離子強度(由高到低)來使這些物質依次解吸附，從而實現(xiàn)分離。具體來說，高濃度的鹽液先將吸附力弱(極性大)的物質洗脫下來，而低濃度的鹽則使吸附力強(極性小)的物質后洗脫下來。對于極性非常強的物質，可能需要在流動相中添加有機溶劑以降低其極性，從而使其解吸附，但此時需注意防止有效成分變性。
疏水色譜柱的結構包括填料、填充率、碳數(shù)、孔徑大小、填充劑密度等關鍵要素。其中，填料的疏水性質主要由碳鏈、芳香族、烷基等疏水基團構成。填充率越高，疏水作用越強；碳數(shù)越多，水作用也越強；孔徑大小則直接影響分離效果，孔徑越小，分離效果通常越好；而填充劑密度則關系到柱效的高低，密度越大，柱效越高。
優(yōu)點:
分離效果好:能夠高效分離不同性質的物質。
選擇性強:通過調整流動相條件可以精確控制分離過程。
適用范圍廣:可用于多種類型樣品的分離。
操作簡便:自動化程度高，易于操作。
柱效穩(wěn)定:在正確使用和維護下，杜效能夠保持穩(wěn)定，
局限性：
對于水溶性樣品適用性較差。
疏水基團易受污染，可能影響分離效果。
可能存在柱壽命較短的問題，特別是當處理高濃度或腐蝕性樣品時。
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