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從提取原理上來(lái)看，有離心柱法、磁珠法；離心柱法全自動(dòng)核酸提取儀采用離心機(jī)和自動(dòng)移液裝置想結(jié)合的方法，通量一般在1-12個(gè)樣本，時(shí)間上和手工提取差不多，并不能提高效率，價(jià)格也不便宜，耗材還不通用，適合錢多的實(shí)驗(yàn)室使用。
磁珠法自動(dòng)核酸提取儀又分為磁棒法和抽吸法，先說(shuō)抽吸法，顧名思義，抽吸法就是通過(guò)自動(dòng)移液裝置來(lái)進(jìn)行，通過(guò)自動(dòng)移液裝置來(lái)加入裂解液、磁珠吸附；抽走裂解液，加入漂洗液，磁珠吸附，抽走漂洗液，加入洗脫緩沖液。從步驟上好像沒(méi)什么問(wèn)題，但是抽吸法最大的問(wèn)題在于，為了在去除廢液的時(shí)候不抽走磁珠，移液器不能靠磁珠太近，以防磁珠連同廢液被抽掉，這樣每一次抽廢液的時(shí)候總有一小部分不能徹-底的抽走，特別是磁鐵在底部的裝置，因?yàn)榇胖楸淮盆F吸附在底部，所以移液器不能靠底部太近，這樣漂洗液就不能完-全去除，殘留的漂洗液中的鹽和乙醇會(huì)影響后面的洗脫效率和PCR成功率；磁鐵在側(cè)面的裝置殘留的液體會(huì)少些，但是洗脫的效率也不好，依靠DNA自行溶解到洗脫緩沖液中，除非等上半小時(shí)以上，所以有些96自動(dòng)核酸提取工作站，提取一輪的時(shí)間需要150分鐘，32磁棒法的同樣的時(shí)間可以提5輪了。
再說(shuō)磁棒法核酸提取儀，通量通常有8、16、32、96通道，相對(duì)于抽吸法，磁棒法的優(yōu)點(diǎn)是每一步的液體不殘留，因?yàn)榇虐糁粠ё叽胖椋D(zhuǎn)移到下一個(gè)步驟相應(yīng)的反應(yīng)孔中，另外選擇磁棒法的提取儀器最好要功能更齊全的，比如可以加熱，每個(gè)加熱槽最好獨(dú)立溫控，這樣可以設(shè)置加熱、裂解、洗脫的不同溫度，另外很重要的一點(diǎn)是，帶動(dòng)磁棒的電機(jī)要能帶動(dòng)磁棒進(jìn)行液體的快速混勻和攪拌，這樣才有利于自動(dòng)化和有助于裂解和漂洗。磁棒法的通量選擇最好是32通道，96通道的看似通量更高，但是有個(gè)很現(xiàn)實(shí)的問(wèn)題，96個(gè)磁力棒在從一個(gè)板轉(zhuǎn)移至另外一個(gè)板的時(shí)候，磁力棒上面的液體中途滴下來(lái)怎么辦，它會(huì)滴到別的孔中造成污染，而32通道的磁力棒運(yùn)行軌跡不經(jīng)過(guò)其他樣本的上空，這樣不會(huì)交叉污染。
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