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透反射偏光顯微鏡是利用光經過一定條件下的反射，折射，雙折射或散射都會產生偏振光的原理，在偏光顯微鏡的基礎上加入偏振濾光鏡，實現透反射觀察。主要用來研究一些透明物體和不透明物體，一般具有雙折射的物體在透反射偏光顯微鏡下面都能觀測的很清晰。下面介紹透反射偏光顯微鏡的操作規程。
1、使用前的檢查。
2、起偏振鏡與檢偏振鏡正交。將檢偏振鏡推入(為觀察清楚，應取下目鏡、物鏡及撥開聚光鏡片)，轉動起偏振鏡，觀察到最暗位置，即系正交位置，此時起偏振鏡刻線應對準0°(180°)。
3、物鏡中心調節觀察旋轉工作臺上的切片，在切片中找一小黑點，使位于目鏡十字線中心。圓的中心S即為工作臺的中心。將小黑點轉至0┐（此時小黑點距十字線中心最遠）借物鏡座上兩個調節螺絲調節S與0重合，使得小黑點自Оr移回001距離一半。此循環進行上述三步驟可是物鏡光軸與旋轉工作臺中心重合。
4、用低倍物鏡時，應將拉索透鏡移出光路，同時用平面反射鏡引入光線。用高倍物鏡及觀察錐光圖時，必須將拉索透鏡引入光路，為增加視域亮度，可用凹面反射鏡引入光線。聚光鏡之間的可變光欄可調節進光量的大小。
5、當使用高倍物鏡觀察時，一般都先用低倍物鏡來尋找目標，先調節低倍物鏡光軸與旋轉工作臺中心重合，并使欲觀察的目標移向視場中心，然后更換上高倍物鏡。
6、在使用過程中必須注意∶要先旋轉微動手輪，使微動處于中間位置，再轉動粗調手輪，將鏡筒下降使物鏡靠近切片(從側面觀察);然后再觀察切片的同時再慢慢上升鏡筒至看清物體的象為止，這樣可避免物鏡與切片相互碰撞而壓壞切片和損壞鏡頭。
7、儀器使用完畢，須轉動粗動手輪將物鏡提起，關閉燈源。
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