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液相色譜的柱子通常分為正相柱和反相柱。正相柱大多以硅膠為柱，或是在硅膠表面鍵合CN, -NH3 等官能團的鍵合相硅膠柱;反相柱填料主要以硅膠為基質，在其表面鍵合非極性的十八烷基官能團(ODS) 稱為C18柱，其它常用的反相柱還有C8, C4, C2和苯基柱等。另外還有離子交換柱，GPC柱，聚合物填料柱等。
反相色譜柱的選擇：
1．柱子的PH值使用范圍
反相柱優點是固定相穩定，應用廣泛，可使用多種溶劑。但硅膠為基質的填料，使用時一定要注意流動相的PH范圍。一般的C18柱PH值范圍都在2-8，流動相的PH值小于2時，會導致鍵合相的水解；當PH值大于7時硅膠易溶解；經常使用緩沖液固定相要降解。一旦發生上述情況，色譜柱人口處會塌陷。同樣填料各種不同牌號的色譜柱不盡相同。如果流動相PH較高或經常使用緩沖液時，建議選擇PH范圍大的柱子，例如戴安公司的Acclaim柱PH 2-9或Zorbax的PH 2-11. 5的柱子。
2．填料的端基封尾（或稱封口）
把填料的殘余硅羥基采用封口技術進行端基封尾，可改善對極性化合物的吸附或拖尾；含碳量增高了，有利于不易保留化合物的分離；填料穩定性好了，組分的保留時間重現性就好。如果待分析的樣品屬酸性或堿性的化合物，最好選用填料經端基封尾的色譜柱。
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