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有些儀器的使用說明書會給出光譜儀的常見故障及排查方法，有些儀器還有自診斷功能，當傅里葉紅外光譜儀不能正常工作時，可先啟動儀器自診斷功能，檢查儀器某些器件工作狀況，或者根據儀器的異常現象，參照儀器使用說明書進行排查。
(1)干涉圖能量低，導致信噪比不理想
可能原因：
1.光路準直未調節好或非智能紅外附件位置未調整到正確位置；
2.紅外光源已損壞或能量已衰竭
3.檢測器已損壞或MCT檢測器無液氮；
4.分束器損壞；
5.各種紅外反射鏡或紅外附件的鏡面太臟；
6.光闌孔徑太小或信號增益倍數太小；
7.圓光路中有衰減器。
排除方法：
1.啟動光路自動準直程序，如果正在使用非智能紅外附件，則還需要人工準直；
2.更換紅外光源；
3.請維修工程師檢查，必要時更換檢測器(檢測器損壞很有可能是由于受潮引起，因此更換后應注意保持儀器室的干燥，對于MCT檢測器可添加液氮再重新檢查；
4.請維修工程師檢查，必要時更換分束器(分束器損壞很可能是由于受潮引起或更換時碰撞產生裂痕引起，因此更換后應注意保持儀器室的干燥，從儀器上取出或裝入時一定要非常小心)；
5.請維修工程師清洗；
6.重新設置光闌孔徑或信號增益倍數，使之處于適當值；
7.取下光路中的衰減器。
(2)光學臺未能工作，不能產生干涉圖
可能原因：
1.分束器未固定好或已損壞；
2.計算機與光學臺未能連接；
3.控制電路板損壞；
4.光譜儀輸出電壓不正常；
5.操作軟件有問題；
6.光譜儀室溫度過高或過低；
7.檢測器損壞；
8.He-Ne激光器不工作或能量已較大衰減。
排除方法：
1.重新固定分束器，如分束器已損壞，請維修工程師檢查，必要時更換分束器(分束器損壞很有可能是由于受潮引起或更換時碰撞產生裂痕引起，應注意保持儀器室的干燥，從儀器上取出或裝入時一定要非常小心)；
2.檢查計算機與光學臺連接口，鎖緊接口，重新啟動光學臺和計算；
3.與維修工程師聯系，或請維修工程師檢査，必要時更換控制電路板(更換后，要再次檢査穩壓電源工作效率和儀器室電源有無問題)；
4.檢査光譜儀面板上指示燈，有自診斷程序可啟動診斷，檢查輸出電源是否正常，排查故障原因，并與維修工程師聯系處理方法；
5.重新安裝操作軟件；
6.過空調調控室溫；7.更換檢測器；
8.檢查He-Ne激光器工作是否正常，及時請維修工程師維修。
(3)干涉圖能量過高，導致溢出
可能原因：
1.光闌孔徑太大或信號増益倍數太高；
2.動鏡移動速度太慢。
排除方法：
1.重新設置光闌孔徑或信號增益倍數，使之處于適當值；
2.重新設置動鏡移動速度。
(4)干涉圖不穩定
可能原因：
1.控制電路板損傷或疲勞；
2.所使用的MCT檢測器真空度降低或窗口有冷凝水：
3.測量遠紅外區時樣品室氣流不穩定。
排除方法：
1.請維修工程師檢查維修：
2.對MCT檢測器重新抽真空；
3.待樣品室氣流穩定后再測試。
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