1、新安裝的潔凈工作臺或者長時間沒有使用的潔凈工作臺，都需要對潔凈工作臺和室內做大掃除，保證室內的空氣潔凈度，需要使用超凈真空吸塵器以及不產生纖維的工具進行清潔，保證不會有大顆粒的污染物，在使用藥物滅菌法或紫外線滅菌法進行殺菌處理。
2、室內的溫度不宜過高，不可以超過60℃。
3、在放置潔凈工作臺的區域盡量不要放置不必要的物品。對氣流產生變化。 
潔凈工作臺操作步驟
1、開始工作前，需要對潔凈工作臺進行殺菌處理，先提前30分鐘按下電源開關，根據需要的生產參數進行設計控制，打開紫外線殺菌燈的開關，處理工作臺內的細菌、微生物燈。離開潔凈工作臺后，在打開緩沖區域的紫外線殺菌燈。殺滅細菌后在關閉儀器。等待大約30分鐘，讓臭氧轉化為氧氣，避免影響工作人員的身體健康，在打開照明系統，啟動風機，就可以使用潔凈工作臺。
2、工作人員使用完潔凈工作臺，還需要做好清潔措施，使用75%的酒精擦拭凈化工作臺面，關閉送風機。打開紫外線殺菌燈15秒滅工作臺中的細菌后，后關閉電源開關。
3、工作中需要使用的工具、儀器等要放入到潔凈工作臺中
4、工作人員會產生很多細菌和微粒。所以工作人員需要戴上一次性口罩、帽子以及醫用乳膠手套。
5、可以適當的打開潔凈工作臺的移門進行操作，但是需要按照無菌操作規程操作。
6、做好清理工作后，需要做好記錄。保證工作臺的潔凈度，不存在沒有清潔的死角。