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模擬蒸餾專用氣相色譜是不同的物質在通過氣相色譜柱時由于跟色譜柱上的固定相吸附力不同，而逐漸分離，然后通過檢測器產生信號，再經過數據采集系統，生成一張譜圖。然后根據保留時間的不同確定是何種物質。只是，氣相色譜本身并沒有定性的功能，主要是借助氣象質譜儀來確定是何種物質，或者根據已經已知的氣相色譜圖來推斷物質。
模擬蒸餾色譜柱使用時需要知道：
(1)如果儀器用來做儀器分析 ，樣品種類有限，但分析次數多，則不妨為每一類常規分析配置一根專用柱，這樣有助于延長柱子的壽命。
(2)避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動。溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況;柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內填料，因此在調節流速時應該緩慢進行，在閥進樣時閥的轉動不能過緩。
(3)應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然。
(4)如使用柱溫控制裝置時，應注意在通人流動相后才能升溫。
(5)選擇使用適宜的流動相，以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前面連接一個預柱，分析柱是鍵合硅膠時，預柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預先被硅膠“飽和”，避免分析柱中的硅膠基質被溶解。
(6)避免將基質復雜的樣品尤其是生物樣品直接注人柱內，需要對樣品進行預處理或者在進樣器和色譜柱之間連接一個保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱。保護柱可以而且應該經常更換。
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