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色譜是一種分離分析手段，分離是核心，因此擔負分離作用的色譜柱是色譜系統的心臟。對色譜柱的要求是柱效高、選擇性好，分析速度快等。
柱效受柱內外因素影響，為使色譜柱達到最佳效率，除柱外死體積要小外，還要有合理的柱結構(盡可能減少填充床以外的死體積)及裝填技術。即使好的裝填技術，在柱中心部位和沿管壁部位的填充情況總是不一樣的，靠近管壁的部位比較疏松，易產生溝流，流速較快，影響沖洗劑的流形，使譜帶加寬，這就是管壁效應。這種管壁區大約是從管壁向內算起30倍粒徑的厚度。在一般的液相色譜系統中，柱外效應對柱效的影響遠遠大于管壁效應。
色譜柱的使用有哪些小妙招
•加裝保護柱
保護柱屬消耗品，經過一定次數的樣品分析(50~100次)后，出現柱壓顯著升高或峰形變壞或基線漂移時，應考慮更換保護柱。
•過濾流動相和樣品
流動相通常由水或緩沖溶液與有機溶劑混合而成，原則上，所有經過色譜柱的流動相均應過濾，但在實際操作上應視具體情況而有所區別 。
•凈化樣品
樣品中含有對色譜柱有損害的化學成分，如產生吸附的蛋白質、糖等有機分子和強吸附性物質,以及可能對柱填料產生破壞作用的基團離子。在進樣前應盡可能對樣品進行分離提純以除去多余雜質組分。
•避免過高的柱壓
(1)柱壓過高時，盡可能采用較小的流速，以不超過柱最大允許壓力的一半為宜。
(2)當流速較大時，應采取流速梯度的辦法使流速分步到位。
(3)使用手動進樣閥時，進樣閥的切換要盡可能的快。
•注意溫度和酸堿度
一般以硅膠為基質的色譜柱最高使用溫度不超過60℃，以低于40℃為宜，特別是在流動相pH接近使用限度時，更應降低使用溫度。目前的鍵合硅膠色譜柱標示的pH適用范圍可達2~10，但在實際使用時應避免特殊的pH條件，特別是在偏堿性的條件(pH≥8)下使用。如必須要在特殊的pH條件下使用時，可通過以下方法避免柱損害：
(1)在泵和進樣閥之間加裝預柱(飽和柱)來飽和流動相；
(2)降低使用溫度；
(3)檢驗完畢后立即用與所使用的流動相互相混溶的“溫和溶劑”*清洗。
•正確及時的沖洗
始試驗前，了解柱中當前是何種溶劑。對于新色譜柱，如無特殊說明均為評價報告中所用流動相。柱中當前溶劑一定要與分析樣品所用流動相互溶，如不能混溶，要用與二者均能相互混溶的第三種溶劑過渡。異丙醇是能與各種溶劑混溶的試劑，可作為中介流動相使用。對于含有緩沖鹽的流動相，好的辦法是先用與分析用流動相組成*相同但不含緩沖鹽的溶液進行沖洗，再逐步過渡到純甲醇沖洗。
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