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原子熒光光譜儀在日常維護和保養時應注意以下幾點:
1)嚴格遵循開、關機程序。
2)觀察管路的密閉性能，如果管路漏液，應及時停止轉泵，查清漏源后再次連接好管路，并應及時清除漏液，避免液體腐蝕儀器表面。
3)為了自身健康和環境保護，應及時處理廢液。
4)測試完成以后，用去離子水清洗泵管和注射針管，并及時取下蠕動泵泵管卡，避免泵管長時間壓制變形而影響其壽命。變形后可用10%鹽酸浸泡48h，再用去離子水清洗干凈備用。
5)泵管使用一段時間后，應隨時向泵管與泵頭間的空隙滴加隨機提供的硅油，以保護泵管。
6)氣液分離器和加熱石英管為石英玻璃件，應避免碰撞以免破碎，使用過程中可用10%鹽酸浸泡24h來清除雜質，再用去離子水清洗干凈，晾干備用。
7)儀器長期不用時，需每隔一個月預熱儀器半小時左右(在測量狀態下預熱才有用)，有助于延長燈及儀器的壽命。
8)使用空心陰極燈時，應當注意不要用手指直接觸摸通光窗口，以免造成石英窗的透過率變小，使光源射出強度變弱，如發現通光窗口有油污或手指印，可用脫脂棉蘸取酒精、混合液(1∶3)輕輕擦拭。
9)原子熒光法是一種痕量和超痕量的分析方法。因此，在測定較高含量樣品時，應預先稀釋后再進行測定。如不慎遇到含量樣品時(特別是Hg)，則管路系統將受到嚴重污染，此時可將載流或樣品進樣管放入10%鹽酸中，啟動蠕動泵不斷進行清洗處理。
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