根系掃描儀主要用于研究植物根系。植物根系是植物的重要器官之一。它不僅是固定植物、讓植物自由生長的基礎，也是吸收養分和水分的重要器官。因此，植物根系的質量對植物的影響很大。在許多研究工作中，人們需要使用根掃描儀來觀察根的異同。

根系不僅是吸收養分和水分的器官，還能感知土壤養分狀況產生的化學信號，并將這些信號傳遞到地上，從而控制地上器官的生理活動，如氣孔開閉、葉片展開、果實發育等。因此，建立和維持健康的根系對地上部、葉片和果實的正常發育至關重要。常規施肥措施雖然可以給植物提供養分，但只有根系“知道”自己需要什么養分，需要多少，什么時候需要，并主動幫助。

根系掃描儀可以自動測量每個直徑段的長度、投影面積、表面積、體積和分布參數。因此，它深受農業植物研究人員的喜愛。根據成像方法的不同，根系掃描儀可分為原位根系圖像分析儀和洗根后根系圖像分析儀。一般要求分析長度、直徑、面積、體積、根尖數、分叉數、過根數等。