相比于填充柱，毛細管柱具有更高理論及有效塔板數。對于大部分的樣品，毛細管柱效更高，從而大大改善了峰的分離度，分離能力大幅提高使許多分析能夠在非常短的時間用非常短的色譜柱完成。

毛細管柱的選擇一般建議從以下幾方面考慮：

一、毛細管柱柱長度的選擇：

　　一般情況，15m柱用于快速篩選簡單混合物或分子量高的化合物。30m柱是普遍的柱長。超長柱(50、60或100、150m)用于非常復雜的樣品。分辨率與柱長的平方根成正比。在其他條件不變的情況下 , 為取得加倍的分辨率需有 4 倍的柱長。較短的柱子適于較簡單的樣品 ,尤其是由那些在結構、極性和揮發性上相差較大的組分組成的樣品。

二、毛細管柱柱內徑的選擇：

　　柱徑直接影響柱子的效率、保留特性和樣品容量。小口徑柱比大口徑柱有更高柱效，但柱容量更小。

　　0.25mm ：具有較高的柱效，柱容量較低。分離復雜樣品較好。

　　0.32mm ：柱效稍低于 0.25mm 的色譜柱，但柱容量約高 60% 。

　　0.53mm：具有類似于填充柱的柱容量，可用于分流進樣，也可用于不分流進樣，當柱容量是主要考慮因素時(如痕量分析)，選擇大口徑毛細管柱較為合適。

三、毛細管柱液膜厚度的選擇 ：

　　液膜厚度影響柱子的保留特性和柱容量。厚度增加，保留也增加。

　　一般而言，色譜柱的膜厚為0.25到0.5um。對于流出達300℃的大多數樣品(包括蠟、甘油三酯、甾族化合物等)能夠很好的分析。對于更高的洗脫溫度，可以用0.1um的液膜。而厚液膜對于低沸點化合物有利，對于流出溫度在100℃～200℃之間的物質，用1～1.5um的液膜效果較好。超厚膜(3～5um)用于分析氣體、溶劑和可吹掃出來的物質，以增加樣品組分與固定相的相互作用。另一個選擇厚膜的原因是當用大口徑柱時保持分離度和保留時間。由于這個原因，大口徑柱都是有厚膜。厚膜的流失較大，溫度極限必須隨膜厚度增加而下降。