采樣斷面應有明顯的標志物，采樣人員不得擅自改動采樣位置。采樣時應使用GPS定位或固定標志物確定采樣位置，以保證采樣點位置的準確。水溫、pH值、溶解氧、電導率、透明度、鹽度等項目建議現場監測。對于河流斷面，可以使用測距儀和測深計，測量河流的寬度和深度；對于湖庫點位，可以使用測深計，測量湖庫深度。然后，按照HJ/T91的要求，判斷需要采集垂線數和垂線上的采樣點數，分別采集水樣。如果水樣中含沉降性固體(如泥沙等) ，則應分離除去。分離方法為：將所采水樣搖勻后倒入筒形玻璃容器(如1~2L量筒) ，靜置30分鐘，將不含沉降性固體但含有懸浮性固體的水樣移入盛樣容器并加入保存劑。測定水溫、pH值、溶解氧、電導率、總懸浮物和油類的水樣除外。測定湖庫水的化學需氧量、高錳酸鹽指數、葉綠素a、總氮、總磷時，水樣靜置30分鐘后，用吸管或虹吸方式移取水樣，吸管進水尖嘴應插至水樣表層50mm以下位置，再加保存劑保存。測定五日生化需氧量的水樣，應單獨采樣，且使用干燥的樣品瓶。采樣前，不用水樣對樣品瓶進行沖洗。將水樣采集于棕色玻璃瓶中，水樣必須注滿，上部不留空間。測定硫化物的水樣，應單獨采樣，先加入適量乙酸鋅-乙酸鈉溶液，再采集水釋至瓶頸時加入氫氧化鈉溶液至剛有白色沉淀產生，加水樣充滿容器，瓶塞下不留空氣。測定石油類的水樣，應單獨采樣，且使用干燥的樣品瓶。采樣前，不用水樣對樣品瓶進行沖洗。采樣前先破壞可能存在的油膜，在水面至300mm采集柱狀水樣，采集的水樣全部用于測定。測定葉綠素a的水樣，應單獨采樣，且使用干燥的樣品瓶。采樣前，不用水樣對樣品瓶進行沖洗。如果水樣中含沉降性固體(如泥沙等) ，用鋁箔避光沉降30分鐘，取上層水樣轉移至棕色硬質玻璃瓶。測定重金屬銅、鉛、鋅、鎘、入海控制斷面監測項目鐵和錳的水樣，采集的水樣不進行自然沉降，在現場立即(船只采樣不具備過濾條件除外) 用0.45μm的微孔濾膜過濾處理后采集。細菌學樣品的采集要求：采集樣品時，采樣瓶不得用樣品洗滌，采集樣品于滅菌的采樣瓶中。清潔水體的采樣量不低于400mL，其余水體采樣量不低于100mL。采集河流、湖庫等地表水樣品時，可握住瓶子下部直接將帶塞采樣瓶插入水中，約距水面l0~ 15cm處，瓶口朝水流方向，拔瓶塞，使樣品灌入瓶內然后蓋上瓶塞，將采樣瓶從水中取出。如果沒有水流，可握住瓶子水平往前推。采樣量一般為采樣瓶容量的80%左右。樣品采集完畢后，迅速扎上無菌包裝紙。采集地表水、廢水樣品及一定深度的樣品時，也可使用滅菌過的專用采樣裝置采樣。采集揮發性有機物樣品時，不宜用水樣進行蕩洗，應使水樣在樣品瓶中溢流不留空間，取樣時應盡量避免或減少樣品在空氣中暴露。所有樣品均采集平行雙樣。用船只采樣時，采樣船應位于下游方向，逆流采樣，避免攪動底部沉積物造成水樣污染。采樣人員應在船前部采樣，盡量使采樣器遠離船體。在同一采樣點上分層采樣時，應自上而下進行，避免不同層次水體混擾。測溶解氧、五日生化需氧量和有機污染物等項目時，水樣必須注滿容器，避免水樣曝氣或有氣泡存在于瓶中。測定油類、五日生化需氧量、溶解氧、硫化物、余氯、糞大腸菌群、懸浮物、放射性等項目要單獨采樣。同一采樣點，優先采集細菌監測項目水樣。現場測定湖庫水體的pH值、溶解氧時，應記錄測定水體的深度、測定時間、水溫和天氣情況等，以便解釋可能出現的pH值、溶解氧異常情況。受潮汐影響的監測斷面采集漲平潮位和退平潮位的水樣。為保證采樣安全，般應根據潮汐變化，選擇日間漲退潮時間完成采樣。漲潮水樣應在斷面處水面漲平時采樣，退潮水樣應在水面退平時采樣。每批水樣，應選擇部分項目加采現場空白樣，與樣品一起送實驗室分析。采樣時要認真填寫“水質采樣記錄表”，用簽字筆在現場記錄，字跡端正、清晰。項目完整。采樣結束前，應核對采樣計劃、記錄與水樣，如有錯誤或遺漏，應立即補采或重采。如采樣現場水體很不均勻，無法采到有代表性的樣品，則應詳細記錄不均勻的情況和實際采樣情況，供使用該數據者參考。
從井中采集水樣，必須在充分抽汲后進行，抽汲水量不得少于井內水體積的2 倍，采樣深度應在地下水水面0.5m以下，以保證水樣能代表地下水水質。對封閉的生產井可在抽水時從泵房出水管放水閥處采樣，采樣前應將抽水管中存水放凈。對于自噴的泉水，可在涌口處出水水流的中心采樣。采集不自噴泉水時，將停滯在抽水管的水汲出，新水更替之后，再進行采樣。采樣前，除五日生化需氧量、有機物和細菌類監測項目外，先用采樣水蕩洗采樣器和水樣容器2~3次。測定溶解氧、五日生化需氧量和揮發性、半揮發性有機污染物項目的水樣，采樣時水樣必須注滿容器，上部不留空隙。但對準備冷凍保存的樣品則不能注滿容器，否則冷凍之后，因水樣體積膨脹使容器破裂。測定溶解氧的水樣采集后應在現場固定，蓋好瓶塞后需用水封口。測定五日生化需氧量、硫化物、石油類、重金屬、細菌類、放射性等項目的水樣應分別單獨采樣。存水放凈。采集水樣后，立即按要求加入保存劑，將水樣容器瓶蓋緊、密封，貼好標簽，標簽設計可以根據各站具體情況，一般應包括監測井號、采樣日期和時間、監測項目、采樣人等。采樣結束前，應核對采樣計劃、采樣記錄與水樣，如有錯誤或漏采，應立即重采或補采
準確地采集降水樣品難度很大，在降水前，必須蓋好采樣器，只在降水實際出現之后才打開。每次降水取全過程水樣(降水開始到結束) 。采集樣品時，應避開污沙源，采樣器四周應無遮擋雨、雪的高大樹木或建筑物，以便取得準確的結果。每次降雨(雪) 開始，立即將備用的采樣器放置在預定采樣點的支架上，打開蓋子開始采樣，并記錄開始采樣時間。不得在降水前打開蓋子采樣，以防千沉降的影響。取每次降水的全過程樣( 降水開始至結束) 。若一天中有幾次降水過程，可合并為一個樣品測定。若遇連續幾天降雨，可收集上午8:00至次日上午8:00的降水，即24小時降水樣品作為一個樣品進行測定。采集的樣品應移入潔凈干燥的聚乙烯塑料瓶中，密封保存。在樣品瓶上貼上標簽、編號，同時記錄采樣地點、日期、起止時間、降水量。
采樣前，必須了解與排放廢水有關的生產和治理工藝流程、排放規律和治理措施，以便制定采樣計劃，判定存在的干擾因素和采取必要的預處理措施。廢水的采樣，應特別注意樣品的代表性。工業廢水中-類污染物應在車間或車間處理設施排出口取樣，二類污染物及其它有機項目在工廠總排放口取樣。生活污水在污水進入管網前采樣，醫院污水在其排放口設采樣點。采樣點- -經確 定，不得隨意更改。實際的采樣位置應在采樣斷面的中心。當水深大于1m時，應在表層下1/4 深度處采樣；水深小于或等于1m時，在水深的1/2 處采樣。采集廢水樣品時，建議同時測定流量，作為確定混合樣組成比例和排污量計算的依據。所采集的廢水樣主要是瞬時樣和比例混合樣。一些排污 單位的生產工藝過程連續且穩定，瞬時樣品具有較好的代表性，則可以用瞬時采樣的方法。對有污水處理設并正常運轉或建有調節池的污染源，其廢水為穩定排放的，監測時亦可采集瞬時廢水樣。對不穩定排放的廢水，應分時間單元采樣，組成混合樣品進行分析。當廢水流量變化小于20%，污染物濃度隨時間變化較小時，按等時間間隔采集等體積水樣混合。自動采樣用自動采樣器進行，有時間等比例采樣和流量等比例采樣。當污水排放量較穩定時，可采用時間等比例采樣，否則必須采用流量等比例采樣。受懸浮物影響較大的監測項目，自動采樣時應在排污渠(道、溝)水面下5cm，距渠(道、溝)邊和水路中心點的1/2處采樣；手工采樣與油類采樣相同，應采集含懸浮物的均勻水樣。污水的監測項目按照行業類型有不同要求。在分時間單元采集樣品時，測定pH值、化學需氧量、五日生化需氧量、溶解氧、硫化物、油類、有機物、余氯、糞大腸群、懸浮物、放射性等項目的樣品，不能混合，只能單獨采樣。對不同的監測項目應選用的容器材質、加入的保存劑及其用量與保存期、應采集的水樣體積和容器的洗滌方法。廢水樣品的組成往往相當復雜，其穩定性通常比地表水更差，應設法盡快測定。用樣品容器直接采樣時，必須用水樣沖洗三次后再行采樣，特殊項目除外。但當水面有浮油時，采油的容器不能沖洗。
用于測定懸浮物、五日生化需氧量、硫化物、油類、余氯的水樣，必須單獨定容采樣，全部用于測定。
在選用特殊的專用采樣器(如油類采樣器)時，應按照該采樣器的使用方法采樣。
采樣時應認真填寫“采樣記錄表”，表中應有以下內容:污染源名稱、監測目的、監測項目、采樣點位、采樣時間、樣品編號、污水性質、污水流量、采樣人姓名及其他有關事項等。
有機物、細菌學等樣品的采集要求及其他注意事項可參考地表水。
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