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離子交換色譜是指離子交換色譜柱的固定相中含有帶電基團，這些帶電基團通過靜電相互作用與樣品中帶相反電荷的離子結合，如果流動相中存在其它帶相反電荷的離子，當樣品進入色譜柱后，樣品離子便與流動相離子相互競爭固定相表面的電荷位置，并因競爭力的差異使樣品組分得到分離。
離子交換色譜柱的優點是：
1、具有開放性支持骨架，大分子可以自由進入和迅速擴散，故吸附容量大。
2、具有親水性，對大分子的吸附不大牢固，用溫和條件使可以洗脫，不致引起蛋白質變性或酶的失活。
3、多孔性，表面積大、交換容量大，回收率高，可用于分離和制備。
主要保養方法如下：
（1）首先在開始使用系統以前檢查柱子有否微生物生長，否則柱子會堵塞，柱壓會升高到無法接受的水平。然后，不接檢測器，正向安裝色譜柱，使用純甲醇以0.6ml/min流速沖洗約5倍柱體積。
（2）再連接檢測器，用純甲醇以0.6ml/min流速沖洗約10倍柱體積。
（3）然后使用去離子水以0.6ml/min流速沖洗約10倍柱體積。
（4）好再確保連接好保護柱（多使用相應柱制造商針對性提供的保護柱），再用選用的洗脫液以0.6ml/min流速平衡1h以上，進樣檢測。同樣，若洗脫液中含有緩沖鹽類，在用分析洗脫液平衡之前，先用不含緩沖鹽的同比例洗脫液過渡，沖洗約10倍柱體積，避免緩沖鹽在分析柱內析出。
（5）分析完畢，凈化程序基本同C18柱，先用去離子水以0.6ml/min流速沖洗約20倍柱體積→然后用甲醇以0.6ml/min流速沖洗約10倍柱體積，純甲醇飽和后→密封保存即可。（注意：一定要確保在柱子內沒有緩沖液或者其他含鹽類的洗脫液的情況下保存色譜柱。）
（6）長時間保存后重新使用，重復上述（1）～（5）即可。
（7）使用并正確處理完畢，入庫保存于防塵環境下，登記備案。
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