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購買生物安全柜時應考慮所提供的生物防護作用是針對操作人員個人的還是針對實驗樣品的；若是針對操作人員的防護應明確是針對病原微生物的還是針對有毒化學物質或兩者兼而有之。若是針對病原微生物的還應強調微生物的生物危害級別；若是針對有毒化學物質的可按照以下原則作選擇：工級或Ⅱ級A型生物安全柜中不進行揮發性或毒性化學物質操作。Ⅱ級B1型生物安全柜只可用于少量的揮發性或毒性化學物質的操作，如要進行一定量揮發性或毒性化學物質的操作必須使用Ⅱ級B2型生物安全柜。
1.安放
進入生物安全柜的空氣速率約是0.45 m/s，按照這種速率，氣流的完整性很容易受附近人員的走動、窗戶的開關、門的開啟和關閉、空調運行等因素的影響。為避免上述因素的干擾，生物安全柜應放在遠離人員活動、物品流動以及可能會擾亂氣流的地方。為了方便起見，應在安全柜的后面、左右兩側面各留30 cm的空間，以利于安全柜的維護。上端應留30～35 cnl空間，以便準確測量空氣通過排風過濾器的速度及排風過濾器的更換。
2.操作人員
使用生物安全柜時，操作人員手臂的伸入或取出時應緩慢，垂直于前端開口處，從而保證安全柜前端氣流的完整性。應在手或胳膊伸入柜中1 min后開始操作，以便安全柜對手或胳膊表面的空氣進行凈化處理。實驗所需器材應一次性放人生物安全柜，盡量減少或限制操作人員手在安全柜中的進出次數。
3.實驗材料的放置
Ⅱ級生物安全柜前端開口處嚴禁被紙張、設備或其他物品覆蓋。物品放人生物安全柜后，表面要用70%的乙醇擦拭。柜內應備有1塊浸過消毒劑的毛巾，以便蘸吸濺出的液體。實驗材料盡量放在柜的后面，笨重的物品放在一邊，產生氣溶膠的物品也應放在柜的后面。實驗器材應按順序從清潔的排放到污染的。污染的實驗材料不。應隨時拿出柜外，操作者的手也不應頻繁地進出安全柜。
4.操作和維持
大多數的生物安全柜設計成一天24 h開機，調查發現連續開機有利于控制實驗室灰塵和粒子。Ⅱ級A型不用時可以關閉。Ⅱ級B型在使用時要保持實驗室空氣平衡，因此一天中若有數個操作過程，其間不應中斷運行。實驗開始前5 rain就應啟動生物安全柜，凈化局部空氣。使用中若出現任何故障均應及時向上級人員報告并請專職技術人員維修。
5.紫外線
生物安全柜中不需要紫外燈。假女盯要用，每周應對燈管作清潔，除去塵埃，保證殺菌效果。應定期監測紫外燈的輻射強度。要防止紫外線對眼睛或皮膚的灼傷。
6.明火
生物安全柜內近似無菌的環境中應避免使用明火，一方面它可干擾氣流運行，其次，若操作中使用揮發性或易燃物質時會造成危險。操作時需用接種環的，盡可能地用一次性的塑料接種環，使用金屬接種環的應該用微型燃燒器或電爐滅菌而不應該使用明火。
7.溢出
在實驗室工作的每一個人都應熟知含微生物的樣品溢出時的處理程序。一旦生物安全柜中發生有生物危害的物品溢出時，應在安全柜處于工作狀態下立即進行清理。要使用有效的消毒劑，并在處理過程中盡可能減少氣溶膠生成。實驗完畢后，柜中所有接觸病原體的材料均應作消毒滅菌處理。
8.清潔和消毒
工作完畢后，柜中所有的物品都應清除表面污染并移出柜外，柜內工作臺表面和柜的內壁應用含氯石灰(漂白粉)或70%乙醇消毒。若用腐蝕性的化學劑消毒后還應用滅菌水再擦洗。關機前應運行5 min，以便對殘留氣體進行凈化。
9.清除污染
濾膜更換之前生物安全柜要由專業人員用甲醛熏蒸消毒。
10.個人防護設施
使用生物安全柜的操作人員應穿工作服。在生物安全1～2級實驗室中工作的人員可穿普通的工作服；在3～4級實驗室工作的人穿反背式實驗隔離衣具有更好的保護效果。手套應能包住腕關節上的防護服。有些操作可能要戴口罩和眼罩。
11.警報
生物安全柜有發出1種或2種警報的功能。一當窗框移動時，警報會響，表明操作者將窗框移到一個不合適的地方去了，糾正以后警報解除。氣流警報表明柜中正常氣流運行模式中斷，對操作者的保護作用和對樣品防污染的作用減至至低，存在危險。警報響時，應立即停止工作并迅速報告上級人員。作為制造商，在產品的使用說明書的操作部分應詳細論述這一內容，對有關人員使用生物安全柜的培訓材料中也應有此內容。
12.生物安全柜的認證
每臺生物安全柜功能的完整性和操作的有效性能都應作檢定。安裝時應按國家或國際標準檢定，以后應根據制造商說明書定期由專職技術人員檢定。對生物安全柜使用有效性的評價應包括以下內容：功能完整性實驗，HEPA濾器密封性試驗，對向下氣流速度、正面氣流速度、負壓/換氣次數、氣流的煙幕模式，以及警報和互鎖系統進行測試。還可選擇漏電、光照度、紫外光輻射強度，噪音級別，振動性等試驗。檢測人員要經過專門的培訓，采用專門的技術和儀器設備。建議由有資質的專業人員來進行測試。
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