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酶標儀實際上就是一臺變相光電比色計或分光光度計，其基本工作原理與主要結構和光電比色計基本相同，是一種單通道自動進樣的酶標儀。光源燈發出的光波經過濾光片或單色器變成一束單色光，進入塑料微孔極中的待測標本。該單色光一部分被標本吸收，另一部分則透過標本照射到光電檢測器上，光電檢測器將這一待測標本不同而強弱不同的光信號轉換成相應的電信號。電信號經前置放大，對數放大，模數轉換等信號處理后送入微處理器進行數。
酶標儀和普通的光電比色計有以下幾點差異：
（1）盛裝待測比色液的容器不再使用比色皿，而是使用塑料微孔板、微孔板常用透明的聚乙烯材料制成，對抗原抗體有較強的吸附作用，故用它作為固相載體。
（2）由于盛樣本的塑料微孔板是多排多孔的，光線只能垂直穿過，因此酶標儀的光束都是垂直通過待測溶液和微孔板的，光束既可是從上到下，也可以是從下到上穿過比色液。
（3）酶標儀通常不僅用A，有時也使用光密度OD來表示吸光度、酶標儀可分為單通道和多通道2種類型，單通道又有自動和手動2種之分、自動型的儀器有X,Y方向的機械驅動機構，可將微孔板L的小孔一個個依次送入光束下面測試，手動型則靠手工移動微孔板來進行測量。
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