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系統中管路阻塞的現象很少見，常見的是燒結過濾片(玻璃砂芯)阻塞。用燒結過濾器或過濾片(孔徑2-10um)能去掉阻塞管路的微粒(如0.25mm管徑)。用系統分段法檢查阻塞的管路，從后向前分別松開接頭檢查，找到阻塞管路后，應立即拆下來疏導或換新。
如果是非剛性物質阻塞，如生物樣品中的生化物質(蛋白質)、微生物等，可用極細的金屬絲導通，也可以在火頭上燒一燒，使有機物炭化，而后再導通。
如果是剛性物質阻塞，要導通則十分困難，采用反沖的辦法有時能成功。就是將管子調頭用泵沖洗。操作時要注意保護眼睛和裸露的皮膚，因阻塞物會以很高的速度沖出來。無法導通的管路要換上同樣規格的管子。如果換上新管后又被阻塞，則應該停機檢查上面提到的引起阻塞的幾種原因。
管頭損壞：
管子切口不平整或密封卡套不平滑都不能密封。要重新切割去壞管頭(包括卡套)，調換新卡套，裝上接頭擠壓卡緊。大多數滲漏是由接頭引起的，而不是管子問題。
色譜接頭故障的預防與解決辦法幾乎所有的接頭故障都是可以避免的，按下列要求可以有效地預防色譜接頭的故障：
①使用儀器設計時的部件(如同一廠商的部件)；
②使用效果好的接頭部件(如零死體積，即樣品通過時V0=0)；
③按要求組裝和擰緊接頭，不可擰得過緊。
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