超凈工作臺的原理是在在特定的空間內，室內空氣經預過濾器初濾，由小型離心風機壓入靜壓箱，再經空氣高效過濾器二級過濾，從空氣高效過濾器出風面吹出的潔凈氣流具有一定的和均勻的斷面風速，可以排除工作區原來的空氣，將塵埃顆粒和生物顆粒帶走，以形成無菌的高潔凈的工作環境。

  以氣流方向來分，現有的超凈工作臺可分為垂直式，由內向外式以及側向式。從操作質量和對環境的影響來考慮，以垂直式較*。由供氣濾板提供的潔凈空氣以一個特定的速度下降通過操作區，在大約操作區的中間分開，由前端空氣吸入孔和后吸氣窗吸走，在操作區下部前后部吸入的空氣混合在一起，并由鼓風機泵入后正壓區，在機器的上部，30%的氣體通過排氣濾板從頂部排出，大約70%的氣體通過供氧濾板重新進入操作區。為補充排氣口排出的空氣,同體積的空氣通過操作口從房間空氣中得到補充。這些空氣絕對不會進入操作區，只是形成一個空氣屏障。