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色譜的優勢在于分離，為混合物的分離提供了*的選擇，但其難以得到物質的結構信息，主要依靠與標準品對比來判斷未知物，對無紫外吸收化合物的檢測還要通過其它途徑進行分析。質譜能夠提供物質的結構信息，用樣量也非常少，但其分析的樣品需要進行純化，具有一定的純度之后才可以直接進行分析。因此，人們期望將色譜與質譜聯接起來使用以彌補這兩種儀器各自的缺點。
液質聯用質譜儀是以液相色譜作為分離系統，質譜為檢測系統。樣品在質譜部分和流動相分離，被離子化后，經質譜的質量分析器將離子碎片按質量數分開，經檢測器得到質譜圖。液質聯用體現了色譜和質譜優勢的互補，將色譜對復雜樣品的高分離能力，與MS具有高選擇性、高靈敏度及能夠提供相對分子質量與結構信息的優點結合起來，在藥物分析、食品分析和環境分析等許多領域得到了廣泛的應用。
同任何其他分析方法一樣，樣品前處理在液質聯用質譜儀分析中是重中之重的。對所用樣品，有如下要求：
1、樣品清潔，盡量不含雜質，由于蛋白質和肽類在ESI上有很強的響應，這兩樣化合物尤其要注意；
2、樣品不宜含有高濃度的難揮發酸（磷酸，硫酸等）及其鹽，這些會引起液質聯用儀很強的噪聲；
3、為了防止堵塞柱子、噴口及毛細管入口，樣品的粘度不要太大。
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