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氣相色譜柱使用中如操作不規范，會出現污染、泄漏、分辨率低、固定相流失、出現鬼峰、重現性差、色譜柱斷裂等風險。
在安裝色譜柱之前，必需對一下幾個方面進行檢查，以確保色譜柱得到準確的分析結果，并延長使用壽命。
載氣凈化——對于氣相分析，使用純凈、無氧的載氣是非常重要的。一方面在較高溫度下，氣相柱易于氧化，特別是具有極性的；另一方面會導致分析結果的偏差和不確定性。一般建議應該在分析中使用脫水脫氧凈化器。同樣，對所有火焰離子化檢測器(FID)中的空氣及尾吹氣管路，建議應該采用凈化器，電子捕獲檢測器(ECD)的尾吹氣管路要設置水份捕集器，上述氣體的污染都會引起基線噪聲。
進樣口檢查——進樣口通常是易受污染的部位，襯套的潔凈和良好惰性對于色譜柱性能有著十分重要的作用。在安裝色譜柱之前，請仔細檢查上述襯套是否有樣品殘留物及隔墊和密封圈的顆粒物。
另外，襯套還必須進行脫活處理，以減少對敏感化合物的吸附與分解。隔墊處可能是另一個污染和泄漏源，用久的隔墊往往會“去心”或在中心處可能出現孔洞而造成泄漏，請注意經常更換隔墊，應該選用耐高溫和低流失的隔墊，對于國產進樣墊，建議在使用前置于色譜儀爐膛中300度老化一晚后再使用，這可以避免色譜柱使用過程中因為進樣的流失而導致鬼峰。
檢測器的檢查——必須確認檢測器處于良好的工作狀態，尤其是FID，請經常清洗火焰噴嘴。檢查檢測器的氣體流速，不適當的載氣流速都會降低靈敏度和柱效。
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