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毛細管氣相色譜柱的選擇：
柱長：增加柱長可提高分離效果。但柱過長，使分析時間延長。所以在滿足一定分離度的條件下，應選用盡可能短的色譜柱。
固定液的用量選擇：擔體的表面積較大時，固定液用量可多些，允許的進樣量也相應增加。但從速率方程式的傳質項中可知，為了減小液相的傳質阻力，應使固定液的液膜厚度盡可能薄。但固定液液膜太薄，則允許的進樣量也就越少。因此固定液的用量要根據具體情況決定。
固定液的配比選擇：(指固定液與擔體的質量比)一般為5:100到25:100。擔體的比表面積越大，固定液用量的比例可越高。
擔體的性質和粒度選擇：若擔體的比表面積大，孔徑分布均勻，則固定液易分布均勻，從而可加快傳質過程，提高柱效。故應該選用顆粒小且均勻的擔體，并盡可能填充均勻，以減少渦流擴散，提高柱效。但粒度過小，填充不易均勻，會使柱壓降增大，對操作不利。
如何保養與維護毛細管氣相色譜柱，如何避免色譜柱的破損、固定相的損傷以及如何解決一些不能避免發生的問題，是色譜工作者極為關注的焦點。因為這對更加有效地延長毛細管柱的使用壽命，減少不必要的誤工時間，改進色譜柱的重現性和分析結果的可靠性等方面都是極為重要的。
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