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凝膠色譜柱的應用也越來越廣泛，使用過后也要對色譜柱進行保養，這樣才能使它的使用壽命更長久。凝膠色譜柱應該如何進行清洗和存放呢？
1.色譜柱的清洗。
為了不使被測物質和雜質停留在色譜柱中，在每次的樣品分析工作完成之后，都應及時地清洗色譜柱。
首先要用對被測樣品洗脫能力強的溶劑來洗脫色譜柱，以分析工作中常用的反相色譜分析法為例，因其先流出的物質是極性大的物質，此時應用純甲醇或使用異丙純等極性稍弱的溶劑將吸附在柱內的極性小的物質洗脫下來，洗脫液的用量一般為柱體積的20倍即可。如果流動相是緩沖溶液，則應先用蒸餾水來沖洗色譜柱，以沖掉柱內的鹽，然后再用合適的溶劑來沖洗。
2.色譜柱的存放。
如果色譜柱暫時不用，存放時要注意以下幾點：
a.幾天之內的短期放置，凝膠柱則用蒸餾水來沖洗，再把色譜柱的兩頭用密封螺絲密封好即可。
b.如果色譜柱長期不用，僅用上述方法來處理就不行了，這時應使用色譜柱使用說明書中所指明的溶劑來充滿色譜柱，凝膠柱則不能用水了，因柱內如果有微生物的生長則會使柱效降低，此時應用0.05%的NaNs水溶液(防腐劑)來沖洗色譜柱，再將色譜柱封嚴。色譜柱長期放置時，一定要將色譜柱的兩端封嚴，以防止由于溶劑揮發而造成的柱填料干縮現象，因這可導致柱效的嚴重降低。
c.色譜柱應貯存在室溫下，如果放置于0℃以下的環境里，柱內就會結冰，這也將導致柱效的降低。
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