純水/超純水隨著時間的延長而水質下降。導致水質劣化的原因來自以下幾個方面：
儲存器:由于純水中溶解的離子濃度很低甚至沒有，這樣子純水極易從外界環境中吸收離子污染物。 低級塑料和玻璃制造的儲水器會溶出離子和有機物，增加水的電導率，劣化水質。因而推薦使用低溶出的聚乙烯儲水器。
通氣口:多數的儲水器都有一個排氣口用于取水期間空氣的流通。通氣口吸入外界空氣的同時帶入實驗室空氣中的CO2,細菌，顆粒和揮發性有機物。 這些都將污染儲存在水箱中的純水。因而通氣口應配置空氣過濾器以阻止有機物，細菌和CO2進入水箱。
設計: 在清洗過程中，無法將平底水箱的水排干。這些未能排干的水是細菌生長的一個根源。因此我們推薦使用錐形底的水箱以排干所有的水。水箱應采用吹塑成型的方式制作以防止凹凸不平的表面為細菌提供生長繁殖的場所。
分配: 好的分配泵應該在連續工作10個小時的情況下也不會造成溫度的升高，溫度的升高利于細菌的生長。
消毒: 哪怕是極微級的微生物的滋生，也能形成菌膜，劣化水質。所以安裝一個能抑制細菌生長的消毒模塊（UV燈）是很重要的。