制備色譜是指采用色譜技術制備純物質，即分離、收集一種或多種色譜純物質。制備色譜中的“制備”這一概念指獲得足夠量的單一化合物，以滿足研究和其它用途。制備色譜的出現，使色譜技術與經濟利益建立了。制備量大小和成本高低是制備色譜的兩個重要指標。

制備色譜的目的，是從混合物中得到純物質。為了加快分離的時間與提高分離的效率，制備色譜的的進樣品量很大，導致制備色譜柱子的分離負荷的相應加大，也就必須加大色譜柱填料，增大制備色譜的直徑和長度，使用的相對多的流動相。然而，當色譜柱上樣品負載加大的時候，往往導致柱效急劇下降而得不到純的產品。制備色譜，要解決容量與柱子效果之間的矛盾，對重現性也要考慮。從經濟上來說，制備色譜要爭取少用填料，少用溶劑，要盡可能多的得到產品。

制備色譜柱常用的材質及其特點：
各種規格的玻璃柱子在實驗室里頭很容易得到，而且價格低廉，但玻璃柱子致命的弱點是它能承受的壓力很小，且非常容易破碎。當由于壓力太小而導致流動相流速很慢的時候，高位液面或加高壓空氣（或者氮氣）的采用是一個簡單的解決辦法。在底下加真空，也能在一定程度上解決這個問題。
不銹鋼柱子具有良好的耐腐蝕、抗壓力性能，但其價格相對很貴。如果，只有很小的分離任務且經費也允許，市面上直徑為1cm的小型制備柱就是。
有機玻璃柱子也能抗壓力耐腐蝕，相對不銹鋼柱子而言，它是半透明的，可以看到液體的運行狀態，對有色的物質其特點就更為突出。