總體上分為顆粒狀有機物和溶解性有機物，顆粒狀有機物在普通顯微鏡下可以觀察到，它包括有生命的有機體（浮游動植物、細菌菌團等）和無生命的有機物顆粒，后者在水中可逐漸沉降。溶解性有機物包括真溶液狀態和膠體狀態兩種，又可分為類脂物質、氨基酸、烴類、碳水化合物、維生素及腐殖質等。

       主要的有機物有以下幾種：

（1）碳水化合物  天然水體中的碳水化合物包括各種單糖和復雜的多糖類，海水中碳水化合物的總濃度為200-600ug*L-1。天然水中碳水化合物主要來源于浮游植物的光合作用，它是許多微生物和水生生物的營養物，易被分解，其水解產物為五碳糖和六碳糖；

（2）腐殖質  在天然水域和土壤中，尤其是泥碳和腐泥中，廣泛存在著分子組成復雜、性質較為穩定、而化學成分不十分確定的一類有機化合物，通常稱為腐殖質，顯然是多種物質的綜合體，它們中大部分的成分和結構至今尚不十分清楚，有些研究者認為，由于成因不同海水和淡水中腐殖質有所差異。但是這類物質基本均是動植物尸體經過一系列物理、化學和生物過程形成的。腐殖質通常可以看作是低聚物（相對分子質量為300-30000），含有酚羥基和羥基，有較低數量的脂族羥基。根據其在堿x性和酸性溶液中的溶解度，腐殖質通常劃分為以下三種：①腐殖酸，在堿性溶液中溶解，但酸化后即沉淀；②富里酸，這是腐殖質中在酸化水溶液中存在的部分，也是在整個pH范圍內都溶解的部分；③腐黑物，以酸或堿都不能提取的部分。這三種腐殖質結構相似，但相對分子質量和官能團含量不同，富里酸相對分子質量可能低于腐殖酸和腐黑物，但親水基團較多。Schnitzer根據分級分離和降解研究指出，富里酸是由酚和苯羧酸以氫鍵結合而成，形成聚合物結構，具有相當的穩定性。子對河水中腐殖酸鹽的凝聚作用有關。

（3）類脂化合物  類脂化合物是能被非極性或弱極性有機溶劑萃取的組分，如長鏈脂肪酸、脂肪酸酯或蠟酯、長鏈醇、磷脂、甾族化合物等，萃取時，雖然烴類可同時被萃取，但習慣上將它們另歸一類。

（4）含氮有機物  水體中含氮有機物主要是氨基酸和多肽，氨基酸是蛋白質的基本組成單元，其主要來源于浮游生物的代謝和分解產物，它能為異養微生物提供有機物質和能源，通常存在于淡水、海水中的是低分子量的氨基酸（如甘氨酸，丙氨酸和絲氨酸等），總氨基酸含量一般為10-100ug/L。此外水體中存在的含氮化合物還有尿素、嘌
呤和尿嘧啶等，它們也是水生生物的降解產物。

（5）烴類   烴類能與類脂物同時被有機溶劑萃取，在環境污染的監測中，水體中烴類有其特殊的重要性。石油烴類的存在與人類活動有關，進入水體中的石油可導致水體缺氧，從而造成對生物的威脅，而鹵代烴類農藥和多氯聯苯是人工合成物，而自然界中又不存在分解這些化合物的酶類，因此它們在水體中滯留時間很長，不易被分解，具有很高的生物毒性。

（6）維生素  在天然水體中已檢出的維生素有硫胺素（維生素B1）、鈷胺素（維生素B12）和生物素（維生素H），它們在水體中的含量極微，但與生物生長關系十分密切。（7）其它化合物  除了上述幾種主要化合物外，在水體中已檢出的還有丙酮、丁酮、甲乙酮、丁醛、糠醛、核酸、甲烷、乙烷、丙烷、乙酸乙酯和某些刺激素和生長抑制劑等有機化合物