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1、解剖顯微鏡
解剖顯微鏡，又被稱為實體顯微鏡或立體顯微鏡，是為了不同的工作需求所設計的顯微鏡。利用解剖顯微鏡觀察時，進入兩眼的光各來自一個獨立的路徑，這兩個路徑只夾一個小小的角度，因此在觀察時，樣品可以呈現立體的樣貌。解剖顯微鏡的光路設計有兩種： The Greenough Concept和The escope Concept。解剖顯微鏡常常用在一些固體樣本的表面觀察，或是解剖、鐘表制作和小電路板檢查等工作上。
2、相位差顯微鏡
相位差顯微鏡的結構：
相位差顯微鏡，是應用相位差法的顯微鏡。因此，比通常的顯微鏡要增加下列附件：
(1) 裝有相位板(相位環形板)的物鏡，相位差物鏡。
(2) 附有相位環(環形縫板)的聚光鏡，相位差聚光鏡。
(3) 單色濾光鏡-(綠)。
各種元件的性能說明：
(1) 相位板使直接光的相位移動 90°，并且吸收減弱光的強度，在物鏡后焦平面的適當位置裝置相位板，相位板必須確保亮度，為使衍射光的影響少一些，相位板做成環形狀。
(2) 相位環(環狀光圈)是根據每種物鏡的倍率，而有大小不同，可用轉盤器更換。
(3) 單色濾光鏡系用中心波長546nm(毫微米)的綠色濾光鏡。通常是用單色濾光鏡入觀察。相位板用特定的波長，移動90°看直接光的相位。當需要特定波長時，必須選擇適當的濾光鏡，濾光鏡插入后對比度就提高。此外，相位環形縫的中心，必須調整到正確方位后方能操作，對中望遠鏡就是起這個作用部件。
3、暗視野顯微鏡
暗視野顯微鏡由于不將透明光射入直接觀察系統，無物體時，視野暗黑，不可能觀察到任何物體，當有物體時，以物體衍射回的光與散射光等在暗的背景中明亮可見。在暗視野觀察物體，照明光大部分被折回，由于物體(標本)所在的位置結構，厚度不同，光的散射性，折光等都有很大的變化。
4、偏光顯微鏡
偏光顯微鏡是用于研究所謂透明與不透明各向異性材料的一種顯微鏡。凡具有雙折射的物質，在偏光顯微鏡下就能分辨的清楚，當然這些物質也可用染色法來進行觀察，但有些則不可能，而必須利用偏光顯微鏡。
（1）偏光顯微鏡的特點
將普通光改變為偏振光進行鏡檢的方法，以鑒別某一物質是單折射（各向同行）或雙折射性（各向異性）。雙折射性是晶體的基本特性。因此，偏光顯微鏡被廣泛地應用在礦物、化學等領域，在生物學和植物學也有應用。
（2）偏光顯微鏡的基本原理
偏光顯微鏡的原理比較復雜，在此不作過多介紹,偏光顯微鏡必須具備以下附件：起偏鏡，檢偏鏡，補償器或相位片，無應力物鏡，旋轉載物臺。
5、熒光顯微鏡
在螢光顯微鏡上，必須在標本的照明光中，選擇出特定波長的激發光，以產生螢光，然后必須在激發光和螢光混合的光線中，單把螢光分離出來以供觀察。因此，在選擇特定波長中，濾光鏡系統，成為極其重要的角色。
螢光顯微鏡原理：
(1) 光源：光源幅射出各種波長的光(以紫外至紅外)。
(2) 激勵濾光源：透過能使標本產生螢光的特定波長的光，同時阻擋對激發螢光無用的光。
(3) 螢光標本：一般用螢光色素染色。
(4) 阻擋濾光鏡：阻擋掉沒有被標本吸收的激發光有選擇地透射螢光，在螢光中也有部分波長被選擇透過。
6、超聲波顯微鏡
超聲波掃描顯微鏡的特點在于能夠的反映出聲波和微小樣品的彈性介質之間的相互作用，并對從樣品內部反饋回來的信號進行分析！圖像上（C-Scan）的每一個象素對應著從樣品內某一特定深度的一個二維空間坐標點上的信號反饋，具有良好聚焦功能的Z.A傳感器同時能夠發射和接收聲波信號。一副完整的圖像就是這樣逐點逐行對樣品掃描而成的。反射回來的超聲波被附加了一個正的或負的振幅，這樣就可以用信號傳輸的時間反映樣品的深度。用戶屏幕上的數字波形展示出接收到的反饋信息（A-Scan）。設置相應的門電路，用這種定量的時間差測量（反饋時間顯示），就可以選擇您所要觀察的樣品深度。
7、視頻顯微鏡
將傳統的顯微鏡與攝象系統，顯示器或者電腦相結合，達到對被測物體的放大觀察的目的。
zui早的雛形應該是相機型顯微鏡，將顯微鏡下得到的圖像通過小孔成象的原理，投影到感光照片上，從而得到圖片。或者直接將照相機與顯微鏡對接，拍攝圖片。隨著CCD攝像機的興起，顯微鏡可以通過其將實時圖像轉移到電視機或者監視器上，直接觀察，同時也可以通過相機拍攝。80年代中期，隨著數碼產業以及電腦業的發展，顯微鏡的功能也通過它們得到提升，使其向著更簡便更容易操作的方面發展。到了90年代末，半導體行業的發展，晶圓要求顯微鏡可以帶來更加配合的功能，硬件與軟件的結合，智能化，人性化，使顯微鏡在工業上有了更大的發展。
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