熒光法是一種相對技術——也就是說，在進行定量測定時，需要對濃度已知的材料進行比較來測定。參比標準物可以是一個，也可以是一組。使用一組參比標準物的好處在于能夠驗證分析實驗是否在線性范圍內完成，以及是否存在內濾光效應（熒光被樣品自身吸收）。觀察到的熒光強度（通常用 RFU——相對熒光單位表示）也與儀器的狹縫寬度、檢波器增益（電壓）、光源功率等的設置有關。不同的儀器（即使由同一個生產商生產，且使用看上去*相同的光學系統）會給出不同的結果，并且各個生產商采用的縱坐標尺度不同，因此，RFU 值上存在差異并不能用于儀器的質量的評判。
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