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1、用冷凍干燥機制備樣品應盡可能擴大其表面積，其中不得含有酸堿物質和揮發性有機溶劑;
2、樣品凍結成冰，如有殘留液體會造成氣化噴射;
3、冷凍干燥機冷阱約為零下65度，可以做低溫冰箱使用，但戴保溫手套操作防止凍傷;
4、啟動真空泵以前，檢查出水閥是否擰緊，充氣閥是否關閉，有機玻璃罩與橡膠圈的接觸面是否清潔無污物，良好密封;
5、一般情況下，該冷凍干燥機不得連續使用超過48小時;
6、樣品在冷凍過程中，溫度逐漸降低，可以將樣品取出回暖一段時間后，繼續干燥，以縮短干燥時間。