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抗原間的相互關系分為三種，分別是互斥關系、子代與親代的關系和共表達關系。
互斥關系是指兩種抗原不會同時表達在一中細胞上，即表達A不表達B，表達B不表達A。配色時，互斥的抗原是允許熒光溢漏的。
子代與親代關系是指抗原之間是上下級關系，即下級抗原是在上級抗原的基礎上進行分析的。
共表達關系是指兩種抗原同時表達在一種細胞上。配色時，共表達抗原要搭配熒光干擾較小的熒光素，盡量避免熒光溢漏。
什么樣的抗原屬于共表達抗原呢？以Treg細胞為例，Treg細胞同時表達CD25和Foxp3，那么CD25和Foxp3就屬于共表達關系。在這種情況下，CD25和Foxp3需要搭配相互之間沒有溢漏的熒光素，比如搭配APC和PE，因為這兩個熒光素是幾乎沒有干擾的，因此可獲得預期的數據結果。
在多色流式實驗中，如果兩個共表達Marker使用的熒光染料之間干擾較嚴重，則會對圈門造成干擾，影響實驗結果的準確性。雖然我們也能通過調節補償來減少光譜重疊的影響，但對被干擾通道熒光靈敏度降低的影響是無法通過后續的結果分析來消除的。
圖2. 熒光干擾的影響
如果共表達抗原之間有嚴重熒光干擾會怎么樣呢？那結果就可能出現如上圖右所示的情況，雖然進行了補償調節，但得到的目的細胞的比例跟實際有差別。
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