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超聲波細胞破碎儀是利用超聲波在液體中的分散效應,使液體產生空化的作用,從而使液體中的固體顆粒或細胞組織破碎。常規使用方法是把要破碎的材料放到燒杯中，開電源設定時間（震動時間和間歇時間），將破碎儀的探頭放到材料中。使用過程中，超聲波發生器電路將50/60Hz的市電轉換成18-21KHz的高頻高壓電能，因此破碎過程中會大量產熱，一般在冰浴（鹽水蓄熱量更好，一般建議選擇飽和鹽水）下破碎。

超聲波細胞破碎儀的功率大小是常見的指標，它決定著被破碎物的數量、大小、質量及效果。所以各生產廠家對此指標也都非常重視。一般情況下，實驗室、化驗室、研究所、藥品檢驗所等科研單位，使用的功率都不大，（一般在500W以下）；而生物公司、制藥廠、化工企業等生產單位，所用的功率大都在500W-2000W左右。由于各制造廠家的產品結構不同，其功率的標注方法也不盡相同。不過按照用戶常用的慣例，一般有以下幾種：50W、100W、150W、250W、300W、350W、500W、1000W、2000W。一般超聲波細胞破碎儀輸出功率可根據需要適度調節。

標準超聲波細胞粉碎機產品的額定工作頻率是20千赫茲。一些超聲波細胞粉碎機有自動調諧功能可以使頻率在一個小的范圍內變化。