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由于細菌鞭毛極易從菌體脫落，因此常有客戶因為染色時的操作不小心導致染色失敗，無法觀察到細菌鞭毛，在此列舉幾條鞭毛染色時的注意事項。

一、細菌培養物

1.細菌最好在染色前多傳代幾次，以增強菌的活力，經有關文獻表明，傳代三次的菌染色效果好。

2.染色使用的細菌在培養基上的培養時間最好在6-8個小時，選取幼靈菌的原因是老齡菌的鞭毛極易脫落。

3.挑取菌落時最好選取邊緣菌落，因為此處的菌落活動能力強容易找到鞭毛。

4.挑取菌的菌量不宜過大，寧少勿多，否則菌落重疊不易觀察。

二、細菌制片

1.涂片時玻片必須干凈，染色前用洗衣粉洗凈并在酒精中浸泡24h，用前擦拭干凈后使用。

2.將菌落輕點在玻片上，傾斜玻片讓菌液自然留下，不要用接種環涂抹或用力過猛，以免破壞鞭毛。

3.挑取菌的時候盡量不要帶有培養基。

4.玻片上菌液需自然干燥或在溫箱中烘干。

5.水洗時需緩慢沖洗，直接用蒸餾水沖洗染液，不要先傾去染液后再水洗，以免污染背景不易觀察，沖洗時要將染液的顏色沖洗干凈否則也會影響觀察。

三、鏡檢觀察

鏡檢時先從邊緣開始逐漸向中間鏡檢，因為邊緣處菌量小，易觀察到單菌落，中心處菌易重疊，不易觀察。