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一旦水系統通過驗證，就必須以選定的頻率進行常規監測，以確保對系統和預期用途的合格水進行控制。取樣位置、頻率以及取樣和檢測的指標應基于水的驗證和其關鍵性。這些檢測可能包括微生物分析、內毒素、總有機碳TOC、電導率、硝酸鹽EP和pH值。與微生物檢測不同，一些化學檢測可以在線進行，免除取樣，如TOC和電導率分析。

選擇技術時要考慮的一個重要因素是如何從樣品中實際檢測和報告TOC。絕大多數在線TOC儀器采用電導率作為測量碳的手段。Sievers? TOC分析儀，例如Sievers M500，是碳分析儀而非傳感器，其中氣體滲透膜將干擾化合物從CO₂中分離出來，以便準確檢測碳。這項技術使人們對檢測的準確性和精度充滿信心。而傳感器的工作原理是在沒有選擇性電導率膜的情況下檢測氧化前和氧化后的電導率。雖然許多TOC儀器以某種方式檢測氧化前和氧化后的電導率，但傳感器是在對干擾離子沒有任何程度區分的情況下，對合成電導率進行檢測。即使電導率的檢測結果可能來源于其他成分（除碳以外），但其將所有差值都歸因于TOC。當樣品中含有干擾物質時，這可能導致假正或假負。

一旦選擇了合適且符合要求的技術，在數據被視為對做出質量決策有效之前，需要進行適當的儀器鑒定和方法驗證。方法驗證和方法部署的一部分是確定如何在實踐中使用該方法。換句話說，檢測是在線進行還是在實驗室進行？傳統上，這種檢測是通過從確定的使用點（POU）取樣并將這些樣品帶回QC實驗室進行分析來完成。有實驗室TOC分析儀和軟件，可以讓用戶設置協議、運行系統協議、一次運行大量樣品、管理數據以及電子簽名和導出數據。無論TOC分析儀是用于清潔驗證樣品還是用于水的監測，效率對大多數實驗室來說都是一個重要因素。

提高效率的一個案例是能夠從一個樣品中檢測兩個指標。藥廠現在可以實施“精益實驗室”解決方案，可以對一個樣品瓶中的樣品同時進行TOC和電導率分析。專業的樣品瓶用于防止離子從瓶子表面浸出，并防止大氣中的二氧化碳溶解到樣品中，從而導致假正。與傳統的儀表和探頭分析相比，這種解決方案大大提高了樣品的可靠性并節省了時間。

在線分析被認為是過程分析技術（PAT），是制藥商提高質量、效率、過程控制和過程理解的一種方式。2004年，FDA發布了一份指導文件，說明如何在GMP過程中實施最佳的PAT。這份文件包含了建議，并鼓勵GMP制藥商采用PAT，以實現過程理解、過程控制和持續驗證狀態。采用PAT可實時檢測所需的質量指標，如TOC和電導率。使用實時數據，在無需手動取樣或實驗室分析的情況下，實現過程理解和已驗證狀態。

在線水監測在減少取樣和實驗室誤差的同時，可實現TOC和電導率的實時檢測（Real-Time Testing，RTT），大大提高了效率。此外，在線監測允許對不符合規范（OOS）和不符合趨勢的結果（OOT）進行高度檢測和實時檢測。與等待數小時甚至數天的時間讓實驗室檢查OOS或OOT不同，它們可以實時檢測和進一步調查。為了實時正確地檢測水，檢測OOS/OOT結果，實現過程控制，數據必須準確、定量、經過驗證并且安全。為了充分這種質量和效率的提高，制藥商必須確保所使用的技術準確、高效，并滿足搞程度的數據可靠性。在正確技術到位情況下，在線分析將提供對水系統的深刻洞察和理解，同時保證高程度地滿足藥典要求。