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分析儀在測量總有機碳 (Total Organic Carbon，TOC) 時，都必須處理無機碳 (Inorganic Carbon，IC)。IC是指CO2、HCO3-、CO32-里的碳。IC的來源包括溶解的石灰石和從空氣中吸收的二氧化碳。幾乎所有的樣品水中都含有有機碳和無機碳，它們統稱為總碳 (Total Carbon，TC)。

總碳（TC）= 有機碳（TOC）+ 無機碳（IC）

當樣品中也含有無機碳時，分析儀就無法單獨測量有機碳，因此大多數TOC分析儀就測量樣品中的TC和IC，然后相減，差值即為TOC。