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菌種培養環保用微生物菌劑的進出口經營活動越來越多，隨之引發的生物安全問題也敲起了警鐘。從國外引進的菌種，屬外來微生物，需警惕它們會和使用地生態系統的微生物之間出現競爭、拮抗等現象，以免原有的生態平衡被打破。
外來菌種不應隨意引進
    環保用微生物菌劑在水、大氣、土壤、固體廢物污染的檢測、治理和修復中，發揮著積極作用，但目前該領域一些問題不容小覷。
   一是隨意使用問題突出。一些單位和個人，菌種培養在沒有對微生物菌劑環境安全進行檢測評估的情況下，盲目將微生物菌劑釋放在開放環境中，極易造成環境安全隱患。
   二是和使用安全監管缺位。由于監管缺位使得管理部門既不能掌握環保用微生物的種類、來源，使用時間、地點和范圍，也無法對環保用微生物和使用過程中可能對環境安全造成的不利影響進行監管。
   三是在進口環保用微生物菌劑時，一些單位和個人通過隱瞞等手段，將環保用微生物菌劑隨意引入我國。國外引進的菌種，屬外來微生物，和使用地生態系統的微生物之間會出現競爭、拮抗等現象，原有的生態平衡會被打
破，可能造成微生物雙方數量減少，生長緩慢；也可能抑制其他種的微生物生長。另外，微生物為了在環境中生存，微生物之間可能發生水平基因轉移，或在染色體內進行基因重排、突變，以形成能夠適應環境生存的優勢菌，這會給生態環境帶來很多不確定因素和潛在威脅。
環保用微生物菌劑在開放環境中使用需嚴格監管，菌種培養以防對環境安全造成不利影響。